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40.嘉陵江合川段国家级水产种质资源保护区
嘉陵江合川段国家级水产种质资源保护区总面积2788.6公顷，其中核心区面积933.0公顷，实验区面积 1855.6公顷。特别保护期为每年的2月1日-6月30日。保护区位于嘉陵江重庆市合川区境内，保护区河流总长度63.3千米，范围在东经106°13′28"-106°23′19"，北纬29°54′27"-30°9′11"之间。核心区位于利泽镇至云门镇之间的嘉陵江干流江段，全长25.1千米，是由以下6个拐点沿河道方向顺次连线围成的水域：利泽左岸（106°13′29"E，30°7′53"N）-利泽右岸（106°13′28"E，30°7′41"N）-西游江边（106°15′5"E，30°9′11"N）-泥溪江边左岸（106°17′58"E，30°8′16"N）-云门大桥左（106°19′15"E，30°4′45"N）-云门大桥右（106°19′7"E，30°4′41"N）。实验区位于云门镇至草街航电枢纽之间的嘉陵江干流江段及其支流渠江、涪江的河口区，全长为38.2千米，是由以下7个拐点沿河道方向顺次连线围成的水域：云门嘉陵江大桥左岸（106°19′15"E，30°4′45"N）-云门嘉陵江大桥右岸（106°19′7"E，30°4′41"N）-渠口坝江边（106°19′25"E，30°1′59"N）-合川城区（106°16′25"E，30°0′4"N）-盐井右岸（106°21′20"E，29°56′41"N）-草街电站左（106°23′19"E，29°54′29"N）-草街电站右（106°23′1"E，29°54′27"N）。主要保护对象为南方大口鲶，其他保护对象包括中华倒刺鲃、厚颌鲂、白甲鱼、黄颡鱼、华鲮等。
41.梓江国家级水产种质资源保护区
梓江国家级水产种质资源保护区总面积800公顷，其中核心区面积420公顷，实验区面积380公顷。特别保护期为全年。保护区地处四川省绵阳市盐亭县的梓江河段，范围在东经105°12′50″-105°19′10″，北纬31°15′50″-31°25′18″之间。保护区流经安家镇安家小河子-毛公乡章邦大桥-两河镇新民村，全长55公里。其中安家小河子-章邦大桥为核心区，长38公里，核心区范围为10个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域。拐点坐标分别为安家镇安乐村（105°14′30"E，31°25′18"N）-安家镇裕荣村（105°12′50"E，31°22′4"N）-柏梓镇川石村（105°15′10"E，31°19′54"N）-柏梓镇镇江村（105°16′8"E，31°19′35"N）-柏梓镇麟亭村（105°17′25"E，31°18′18"N）-柏梓镇石船村（105°14′5"E，31°18′48"N）-毛公乡觉灵村（105°17′15"E，31°16′56"N）-毛公乡群乐村（105°17′58"E，31°15′36"N）-毛公乡高渠村（105°15′15"E，31°15′14"N）-毛公乡石宝村（105°18′10"E，31°14′54"N）；章邦大桥-两河新民村为实验区，长17 公里，实验区范围为6个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域，拐点坐标分别为毛公乡解放村（105°18′45"E，31°15′10"N）-两河镇高团村（105°18′5"E，31°18′27"N）-两河镇五一村（105°12′57"E，31°17′20"N）-两河镇林场村（105°17′5"E，31°12′10"N）-两河镇白虎村（105°18′3"E，31°12′18"N）-两河镇新民村（105°19′10"E，31°11′50"N）。主要保护对象为鳜、黄颡鱼、中华倒刺鲃，其它保护对象包括翘嘴鲌、乌鳢、细鳞斜颌鲴、鲤、鲫等。
42.仪陇河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
仪陇河特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积977公顷，其中核心区面积587公顷，实验区面积390公顷。特别保护期为全年。保护区位于四川省仪陇县仪陇河铜鼓乡严家村五社桥、五福镇笋店村桥至双胜镇钟鸣村龙岗河桥之间。范围在东经106°24′40"-106°26′07"，北纬31°19′40"-31°25′47"之间。保护区河流全长51公里。核心区为赛金镇潮水坝村桥（106°24′40"E、31°23′05"N）至双胜镇钟鸣村龙岗河桥（106°26′07"E、31°19′40"N），长28公里。其东岸是铜鼓乡五通嘴村，五福镇黄家村、笋壳店村，赛金镇雷家坝村、芝兰坝村、灯台山村、干坝子村、龙背梁村、潮水坝村，双胜镇王家庄村、玉龙村、白鹤村、龙王庙村、金狮村；西岸是铜鼓乡严家桥村、常家营村、响滩子村、金锅场村，赛金镇五佛寺村、高家坝村、杨二坝村、石梁子村，双胜镇新民村、火红村、黄连坝村、任家庵村、竞赛村、钟鸣村。实验区为铜鼓乡严家村五社桥（106°25′25"E、31°25′47"N）、五福镇笋店村桥（106°24′50"E、31°24′58"N）至赛金镇潮水坝村桥（106°24′40"E、31°23′05"N），长23公里。主要保护对象为中华鳖、乌龟，其他保护对象为南方大口鲶、鳜、黄颡鱼、乌鳢、鲤、鲫等。
43.濛溪河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
濛溪河特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积232公顷，其中核心区面积168公顷，实验区面积64公顷。特别保护期为全年。保护区地处四川省资中县沱江主要支流濛溪河，河流全长37公里，范围在东经104°27′-105°07′，北纬29°34′-30°24′之间，由大濛溪河从双龙镇黄潭井与小濛溪河从龙江镇清泉洞向下游至双龙镇两河口汇合，再至濛溪河苏家湾镇章渔箭。核心区河流位于大濛溪河至濛溪河，长21公里，是由以下9个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域：双龙镇黄潭井（104°55′16.8″E， 29°52′56.7″N），双龙镇田家沟（104°55′44.6″E，29°53′17.8″N），双龙镇柏树湾（104°55′59.2″E，29°53′09.7″N），马鞍镇樊家湾（104°56′31.8″E，29°52′43.8″N），马鞍镇谷堂湾（104°57′20.1″E， 29°52′16.2″N），马鞍镇何家坳（104°57′18.7″E，29°50′12.9″N），双龙镇两河口（104°56′50.7″E，29°49′38.4″N），狮子镇岩沟滩（104°57′30.1″E，29°48′06.5″N），苏家湾镇章渔箭（104°57′11.3″E， 29°47′40.5″N）；实验区河流位于小濛溪河，长16公里，是由以下5个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域：龙江镇清泉洞（104°59′35.7″E，29°51′50.2″N），马鞍镇麻柳滩（104°59′24.4″E， 29°51′12.9″N），马鞍镇龙洞庵（104°58′37.5″E，29°50′08.2″N），狮子镇老沉沱（104°57′39.4″E，29°49′20.4″N），双龙镇两河口（104°56′50.7″E，29°49′38.4″N）。主要保护对象是南方大口鲶，其它保护对象包括鳜、鲫、黄颡鱼、中华鳖、中华倒刺鲃等。
44.锦江河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
锦江河特有鱼类水产种质资源保护区总面积980公顷，其中核心区面积600公顷，实验区面积380公顷。特别保护期为每年的3月1日-7月31日。保护区地处贵州省铜仁市锦江河段，位于长坪（108°57′55"E，27°43′24"N），坪茶（109°06′16"E，27°43′25"N），马岩河（109°17′06"E，27°44′00"N）漾头河（漾头电站）（109°25′21"E，27°41′40" N）之间。核心区位于锦江河的铜岩-漾头电站河段，范围在东经109°11′29"-109°25′21"，北纬 27°42′46"-27°41′40"之间，由以下4个拐点沿河道方向顺次连线所围成的水域：铜岩（109°11′29"E， 27°42′46"N），坝皂（109°13′34"E，27°42′45"N），马岩（109°17′06" E，27°44′00"N），恶滩（109°22′54"E，27°42′11"N）。实验区位于坝黄镇长坪-锦江河的铜岩河段内水域，范围在东经108°57′55"-109°11′29"，北纬 27°43′24"-27°42′46"之间，由以下4个拐点沿河道方向顺次连线所围成的水域：坪茶（109°03′16"E，27°43′25"N），宋家坝（109°06′20"E，27°43′28"N），茅溪（109°09′31"E，27°42′46"N）。保护区内主要保护对象是黄颡鱼、鳜鱼，其它保护对象包括鲤、鲫、草鱼、青虾、中华鳖等。
45.蒙江坝王河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
蒙江坝王河特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积1277公顷，其中核心区面积503公顷，实验区面积774公顷。特别保护期为全年。保护区位于珠江水系的红水河上游，在贵州省南部罗甸县境内，位于雷公滩（106°35′01″E，25°33′26″N）、三岔河（106°47′38″E，25°27′31″N）、大井村（106°52′11″E，25°33′51″N）、柏林村（106°52′22″E，25°30′14″N）、茂井大桥（106°52′27″E， 25°19′27″N）、拉毛（106°46′07″E，25°20′28″N）之间。核心区有两处：核心区Ⅰ是由以下五个拐点沿河道方向顺次连接所围成水域：雷公滩（106°35′01″E，25°23′26″N）、立亭村（106°38′29″E， 25°22′08″N）、布法村（106°39′45″E，25°23′31″N）、顶访村（106°40′50″E，25°24′35″N）、边外河大桥（106°41′59″E， 25°23′35″N）；核心区Ⅱ是由以下六个拐点沿河道方向顺次连接所围成的水域：大井村（106°53′01″E，25°33′31″N）、董望村（106°52′16″E， 25°32′13″N）、沫阳村（106°51′02″E，25°30′52″N）、柏林村（106°52′22″E，25°30′14″N）、林霞村（106°47′55″E， 25°28′29″N）三岔河（106°47′38″E，25°27′31″N）。实验区是由以下十二个拐点沿河道方向顺次连接所围成的水域：边外河大桥（106°41′59″E， 25°23′35″N）、八一村（106°44′38″E， 25°21′53″N）、令桃村（106°47′13″E，25°21′01″N）、拉毛（106°46′07″E， 25°20′28″N）、母亭（106°49′12″E， 25°21′35″N）、八帅（106°49′27″E， 25°20′20″N）、茂井大桥（106°53′12″E，25°19′27″N）、八总村（106°49′15″E， 25°26′14″N）、里矮村（106°51′08″E， 25°27′03″N）、马草村（106°46′35″E，25°26′20″N）、五星村（106°47′39″E， 25°26′03″N）、三岔河（106°47′38″E，25°27′31″N）。主要保护对象为斑鳠，其他保护对象包括南方白甲鱼、多耙光唇鱼、大鳞细齿塘鳢等。
46.滇池国家级水产种质资源保护区
滇池国家级水产种质资源保护区总面积1865.3公顷，其中核心区面积1832公顷，实验区面积33.3公顷。特别保护期为1月1日-5月31日。保护区位于昆明市。核心区分为两部分，第一部分是盘龙江上游的牧羊河、冷水河（沿河岸垂直外延100米区域），起止拐点坐标分别为（102°49′10.29″E，25°10′14.49″N；102°46′21.82″E，25°20′50.05″N；102°48′58.55″E，25°21′46.89″N）。第二部分是滇池周边9个龙潭涌泉为圆心、半径200米区域。具体为：西山区的里仁龙潭（102°35′22.4″E，24°47′45.6″N）、白草村龙潭（102°38′56.7″E，24°50′03.0″N）、白莲寺龙潭（102°39′05.4″E，24°48′27.7″N）；嵩明县的黑龙潭（102°52′52.7″E，25°16′23.2″ N）、青龙潭（102°53′19.3″E，25°18′16.8″N）、上村龙潭（102°51′47.1″E，25°17′41.7″N）；官渡区的承龙水苑（102°51′16.1″E，25°08′47.1″N）；晋宁县的龙王潭（102°40′22.4″E，24°32′31.5″N）、旧寨龙潭（102°35′28.1″E，24°44′30.8″ N）。实验区分为两处：滇池西岸实验区位于滇池西岸海口办事处白鱼口村委会附近，范围在东经102°39′25.51″-102°39′27.04″，北纬24°48′21.25″-24°48′01.11″之间，面积20公顷；滇池东岸实验区位于滇池东岸晋宁县新街乡附近，范围在东经102°39′27.38″，北纬24°48′11.35″之间，面积13.3公顷。主要保护对象是滇池金线鲃，其他保护物种有昆明裂腹鱼、云南光唇鱼、云南盘鮈、昆明高原鳅、横纹南鳅、侧纹云南鳅、细头鳅、鲫鱼等。
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