（二）重点检查阶段
全国治理“三乱”领导小组和各地区、各部门治理“三乱”领导小组，都要组织力量对各单位的自查工作进行重点检查。重点检查面要保证不少于百分之三十。检查的主要内容是：查各单位是否认真、全面、彻底的进行了清理整顿，是否如实填报审查了本单位所有的行政事业性收费、经济惩罚性罚款、集资摊派、基金项目，是否按《决定》 要求整顿了单位内部的有关管理问题。对社会集团和人民群众反映强烈的重点部门，如公安、交通、城建、市容管理、教育、卫生、环保等部门，以收费、罚款、摊派或征收基金为主要经费来源的单位和社会团体，在《决定》发布后，仍有令不行，有禁不止的单位，以及在自查自报阶段隐匿不报的单位，要严格按照国务院颁发的《关于
违反财政法规处罚的暂行规定》（国发［１９８７］５８号）及其他有关规定严肃处理。重点检查查出的贪污、盗窃、侵占国家资财等违法犯罪案件，要移送司法机关依法审理。
（三）审核处理阶段
审核处理阶段的主要工作是：按照《决定》规定的政策原则和审批权限，逐级逐项审核和整顿现行的行政事业性收费、经济惩罚性罚款、各种集资、摊派和基金项目，最后由全国治理“三乱”领导小组及办公室（包括四个项目办公室）会同有关部门逐项进行审查或审定。
（四）整章建制阶段
整章建制阶段的主要任务：一是按照《决定》规定的审批管理权限，将审定后需继续保留执行的收费、罚款、集资和基金的项目、标准、执行范围和审批、管理权限公布于众；二是制定加强对“三乱”监督、检查的措施方法；三是根据清理整顿中发现的主要问题，提出、制订或修订有关法律、法规、规章、规定的建议。建立健全收费、罚款、集资、基金管理制度和办法，进一步明确有关职能部门的管理权限，将收费、罚款、集资、基金的管理工作进一步纳入法制的轨道。
三、清理整顿收费、罚款和各种摊派工作中的条块结合的几个问题。
（一）地方和部门在处理“三乱”工作中，要按照中发［１９９０］１６号文件中规定的“条块结合，以块为主，密切配合，协调进行”的原则进行。
（二）各省、自治区、直辖市的各业务主管部门的治理“三乱”工作，各省、自治区、直辖市治理“三乱”领导机构统一布置，清理整顿结果除报省级治理“三乱”领导机构外，同时上报中央业务主管部门。
