第二十七条 项目首席科学家全面负责项目的实施，包括按资助批准通知的要求编写项目研究计划与经费预算，定期向大洋协会办公室报告项目的执行和进展情况，如实编报项目研究工作总结和资助经费决算等。凡涉及项目研究计划、研究队伍、经费使用及项目依托单位等重要变动，须通过项目依托单位及时报大洋协会办公室核准。
第二十八条 大洋调查与研究项目的课题申请一般采取集中受理方式。申请单位根据大洋协会办公室每年发布的立项指南或课题申请通告，按要求认真如实撰写《课题申请书》一式12份，在规定期限内报送大洋协会办公室。并同时缴纳《课题申请书》初审费（依课题申请经费大小相应比例收取）。
第二十九条 为保证课题研究的质量，申请者同期一般只能作为负责人申请一个项目课题，同期参与的项目课题（含课题负责人）不得超过三项。
鼓励优秀中青年（45周岁以下）科技人员承担并负责大洋课题任务。已退休人员和在读研究生一般只能作为课题组成员参加申请，但同期参加课题不得超过二项。
鼓励各项目课题开展有针对性的国际合作。按相关规定，在风险共担，成果、数据共享的原则下，优先支持切实有效的国际合作项目。
第三十条 课题负责单位对课题负有监督、管理和保证的责任，主要包括：保证课题的人员稳定、条件落实；监督项目的实施和经费使用；定期向项目首席和责任单位报告课题的管理情况；协助大洋协会办公室实施项目检查；按要求申报结题。
第三十一条 项目首席和责任单位应向大洋协会办公室提交年度报告。大洋协会办公室将采用年度抽查、阶段评估、结题验收等办法监督《项目合同书》的执行。首席科学家、责任科学家根据项目开展需要可采取不同形式、不定期地对课题执行情况进行检查。
第三十二条 课题在执行过程中，课题负责人和责任科学家应定期向首席科学家提供课题、子项目年度报告，同时抄报大洋协会办公室。首席科学家应于每年12月31日前将本项目年度报告报大洋协会办公室。
第六章 能力建设项目管理
第三十三条 能力建设项目包括：国际海底区域工作所需的大型技术装备研发项目和基础支撑平台建设项目。
