第十九条 用于三峡工程后续工作的重大水利基金，按照经国务院批准的《三峡工程后续工作规划》要求安排使用，具体使用管理办法另行制定。
第二十条 缴入中央国库的重大水利基金在满足南水北调工程建设和三峡工程后续工作需要后的结余资金，由财政部会同国家发展改革委、水利部提出分配和使用意见，报国务院确定。
第二十一条 缴入省级国库的重大水利基金，由省级发展改革部门纳入固定资产投资计划统筹安排，并由省级财政部门编制年度基金收支预算。省级财政部门根据批准的年度投资计划、基金收支预算和基金实际征收入库情况安排资金。
16个省份要将重大水利基金年度收支情况报财政部、国家发展改革委、水利部备案。
第二十二条 重大水利基金应严格按规定安排使用，实行专款专用，年终结余结转下年度继续使用。
重大水利基金的资金支付按照财政国库管理制度有关规定执行。
第二十三条 重大水利基金支出在政府收支分类科目中列第213类04款70项“国家重大水利工程建设基金支出（南水北调工程建设）”、71项“国家重大水利工程建设基金支出（三峡工程后续工作）”、72项“国家重大水利工程建设基金支出（地方重大水利工程建设）”。
第二十四条 各级财政、发展改革、水利、审计、监察部门应按照职责分工，加强对重大水利基金征收、拨付、使用和管理情况的监督检查，确保基金按规定征缴和使用。
第二十五条 对违反本规定，多征、减征、缓征、停征，或者侵占、截留、挪用重大水利基金的单位及责任人，依照《
财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）和《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》（国务院令第281号）进行处罚或行政处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第二十六条 16个省份可根据本办法制定本地区重大水利基金具体实施办法，并报财政部、国家发展改革委、水利部备案。
