第六条 重大水利基金从2010年1月1日起开始征收，至2019年12月31日止。
第七条 除企业自备电厂自发自用电量和地方独立电网销售电量外，重大水利基金由省级电网企业在向电力用户收取电费时一并代征。
第八条 北京、天津、河北、河南、山东、江苏、上海、浙江、安徽、江西、湖北、湖南、广东、重庆等14个南水北调和三峡工程直接受益省份（以下简称14个省份）电网企业代征的重大水利基金，由财政部驻当地财政监察专员办事处（以下简称专员办）负责征收，并全额上缴中央国库。
山西、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、福建、广西、海南、四川、贵州、云南、陕西、甘肃、青海、宁夏、新疆等16个南水北调和三峡工程非直接受益省份（以下简称16个省份）电网企业代征的重大水利基金，由当地省级财政部门负责征收，并全额上缴省级国库。
第九条 对企业自备电厂自发自用电量和地方独立电网销售电量应缴纳的重大水利基金，按照本办法第八条划分省份分别由驻当地专员办和省级财政部门直接征收，并分别缴入中央和省级国库。
第十条 14个省份的重大水利基金由专员办按月征收，实行直接缴库。省级电网企业、拥有自备电厂企业和地方独立电网企业应于每月10日前向驻当地专员办申报上月实际销售电量（自发自用电量）和应缴纳的重大水利基金。专员办应于每月12日前完成对申报的审核，确定重大水利基金征收数额，并向申报企业开具《非税收入一般缴款书》。省级电网企业、拥有自备电厂企业和地方独立电网企业应于每月15日前，按照专员办开具《非税收入一般缴款书》所规定的缴款额，足额上缴资金。
专员办应根据省级电网企业、拥有自备电厂企业和地方独立电网企业全年实际销售电量（自发自用电量），在次年3月底前完成对相关企业全年应缴重大水利基金的汇算清缴工作。专员办开展汇算清缴工作时，应对电力用户欠缴电费、电网企业核销坏账损失的电量情况进行审核，经确认后不计入相关企业全年实际销售电量。
16个省份重大水利基金的具体征管办法由当地省级财政部门制定。
第十一条 拥有自备电厂企业、地方独立电网企业应准确计量自发自用电量和销售电量，不能准确计量的，由专员办和省级财政部门按照其最大发电（售电）能力核定自发自用电量和销售电量，并确定重大水利基金征收数额。
第十二条 重大水利基金收入列政府收支分类科目第103类01款58项“国家重大水利工程建设基金收入”。其中：专员办对14个省份征收的重大水利基金分别计入“国家重大水利工程建设基金收入”项下01目“南水北调工程建设资金”和 02目“三峡工程后续工作资金”；16个省份省级财政部门征收的重大水利基金计入“国家重大水利工程建设基金收入”项下03目“省级重大水利工程建设资金”。
