农业部门负责良种补贴政策具体组织实施管理工作，编制实施方案，核定良种补贴面积，推介展示良种，组织生产管理、技术培训和提供咨询服务，监管实施过程，评估实施效果等。
第四条 农业部会同财政部下达年度实施指导意见，指导意见内容包括补贴农作物品种、补贴面积、补贴标准和补贴资金规模等。省级农业、财政部门组织编制年度实施方案，并按规定时限报送农业部、财政部备案。实施方案内容包括良种推介品种、良种种植面积、补贴资金数额、补贴资金发放方式、落实管理责任的具体措施及其他相关资料。
各垦区（农场）按照财务隶属关系向农业、财政部门报送年度实施方案。
第二章 良种的推介与管理
第五条 省级农业部门按照法律法规的规定和《全国优势农产品区域布局规划》的要求，推介适宜本地区种植的农作物良种，发布农作物良种补贴品种目录，随年度实施方案上报农业部备案。
第六条 各级农业部门按照尊重农民意愿、遵从品质优先、遵守市场公开的原则，积极引导农民在发布的品种目录内选择使用农作物良种。不得采取强制方式干预农民自愿选种。
第七条 各级农业部门会同工商、质检、公安等部门，加强农作物种子市场监管，做好良种的市场供应，监督检验种子质量，防止假冒伪劣种子进入生产领域，坚决打击坑农害农等违法行为。
第三章 良种补贴资金补贴的范围和方式
第八条 良种补贴资金的补贴对象是在农业生产中使用农作物良种的农民。
良种补贴范围是国家规定补贴品种的种植区域。全覆盖补贴品种的范围按补贴品种的实际种植面积核定；未全覆盖补贴品种的范围由农业部、财政部根据国家政策确定。
乡级农业管理机构、财政所组织全覆盖品种补贴面积的村级登记、核实、公示，汇总审核后上报县级农业、财政部门。县级农业、财政部门对乡镇上报的补贴面积审核确认后，汇总上报省级农业、财政部门。省级农业、财政部门对各县上报的补贴面积审核确认后，汇总上报农业部、财政部。
地方各级农业、财政部门应逐级分解安排农业部、财政部当年下达的未全覆盖补贴品种的种植面积。
