辅导期纳税人取得增值税抵扣凭证后，借记“应交税金--待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目。交叉稽核比对无误后，借记“应交税金--应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税金--待抵扣进项税额”科目。经核实不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税金--待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
第十二条 主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。
辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证留待下期抵扣。
第十三条 辅导期纳税人按以下要求填写《增值税纳税申报表附列资料（表二）》。
（一）第2栏填写当月取得认证相符且当月收到《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的稽核相符专用发票、协查结果中允许抵扣的专用发票的份数、金额、税额。
（二）第3栏填写前期取得认证相符且当月收到《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的稽核相符专用发票、协查结果中允许抵扣的专用发票的份数、金额、税额。
（三）第5栏填写税务机关告知的《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的本期稽核相符的海关进口增值税专用缴款书、协查结果中允许抵扣的海关进口增值税专用缴款书的份数、金额、税额。
（四）第7栏“废旧物资发票”不再填写。
（五）第8栏填写税务机关告知的《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的本期稽核相符的运输费用结算单据、协查结果中允许抵扣的运输费用结算单据的份数、金额、税额。
（六）第23栏填写认证相符但未收到稽核比对结果的增值税专用发票月初余额数。
（七）第24栏填写本月己认证相符但未收到稽核比对结果的专用发票数据。
（八）第25栏填写已认证相符但未收到稽核比对结果的专用发票月末余额数。
（九）第28栏填写本月未收到稽核比对结果的海关进口增值税专用缴款书。
（十）第30栏“废旧物资发票”不再填写。
（十一）第31栏填写本月未收到稽核比对结果的运输费用结算单据数据。
第十四条 主管税务机关在受理辅导期纳税人纳税申报时，按照以下要求进行“一窗式”票表比对。
（一）审核《增值税纳税申报表》附表二第3栏份数、金额、税额是否等于或小于本期稽核系统比对相符的专用发票抵扣联数据。
