第十二条 除农业部直属垦区外，现代农业生产发展资金应按预算级次逐级下拨到财政（财务）部门，不得切块到有关主管部门。
第四章 资金使用管理
第十三条 地方各级财政部门应当会同有关部门紧紧围绕涉及国计民生的重要大宗农产品生产，突出本地优势和特色，确定现代农业生产发展资金扶持的主导产业。主导产业必须是优势特色农业的具体品种，不得笼统地将粮食、畜牧、水产、林业等综合性行业作为一个主导产业，也不能将几个品种“打包”成一个产业。
现代农业生产发展资金扶持的同一主导产业一般要连续支持，按照集中连片的原则，推进产业带建设，形成规模效益。
第十四条 地方各级财政部门应当会同有关部门围绕本地优势特色主导产业发展，区分轻重缓急，针对制约现代农业发展的瓶颈问题，对每项主导产业选择一两个关键环节给予集中投入，重点支持。现代农业生产发展资金重点支持的关键环节是：
粮食类产业（主要包括水稻、小麦、玉米、马铃薯产业）：
重点支持支渠以下的小型农田水利设施的修复、配套和改造。
畜牧类产业（主要包括养猪、养牛、养羊、养鸡产业）：重点支持养殖小区的改造。
水产养殖类产业（主要包括养鱼、养虾蟹贝产业）：重点支持养殖池塘建设和改造。
水果类产业（主要包括苹果、柑橘产业）：重点支持果园基础设施建设、优质种苗培育及推广。
其他经济作物类产业（主要包括油茶、茶叶、蔬菜、甘蔗、花卉产业）：重点支持种植基地建设、优质种苗培育及推广。
地方各级财政部门会同有关部门可结合当地实际，具体确定年度所支持的关键环节。
第十五条 地方各级财政部门应当会同有关部门并督促项目实施单位严格按照本办法和省级资金管理细则规定的用途安排和使用资金。
第十六条 地方各级财政部门对农民等项目受益主体给予直接补助的，应采取以奖代补、先建后补等方法，避免采用容易形成刚性支出和体制性补助的方式。
第十七条 地方各级财政部门对农业产业龙头企业的支持，必须遵循以农民为受益主体的原则，并且只对农业产业龙头企业直接带动农民增收的农产品生产基地的生产环节给予支持。支持方式原则上采用贴息的方式；采用直接补助的，比照本办法第十六条的规定执行。
