针对我国重点流域/区域水污染物减排面临长期压力、环境技术管理体系建设不完善以及饮用水源地监管体系缺乏的问题，2011年，开展重点流域/区域主要污染物控制途径与减排策略研究，选择若干重点行业开展污染减排技术筛选与评估研究以及饮用水源地水质安全保障和管理技术研究。
三、土壤环境领域
针对我国当前突出存在的农田土壤农用化学品环境污染问题，2011年重点研究化肥、农药和农用高分子材料对土壤环境的影响途径和控制方法，尤其是设施农业条件下土壤环境质量的变化规律、环境风险和关键控制技术。
针对我国城市工业场地土壤中有毒有害有机物污染问题，面向污染土壤的环境风险控制和土地资源可持续安全利用的紧迫需求，2011年研究不同土地利用方式条件下土壤中挥发和半挥发性有机污染物的风险识别方法和风险管理技术。
针对石油、化工、工业废物处理处置等典型高风险污染场地环境监管问题，2011年重点开展场地特征污染物快速识别和监测新方法、污染物迁移转化过程和场地修复技术规范研究。
针对我国土壤环境保护刚刚起步，国家土壤环境监管支撑技术体系建设不完整的实际需求，2010年重点开展系统的前期研究，研究制定我国土壤环境保护专项技术中长期研究计划，并提出重大研究计划实施方案建议。开展支撑国家土壤环境管理的科学技术研究。
四、生态领域
针对自然保护区、重要生态功能区环境质量持续下降等问题，以维护生态服务功能为目标，2010年重点研究三江源等重要生态功能区综合监测与评价以及管理技术。
针对矿产资源开发和重大工程对区域生态环境的扰动与破坏等问题，以维护区域生态安全和保护生物多样性为目标，2011年研究建立矿产资源开发和重大工程生态风险评价、环境应急监测与预警技术体系，构建生物多样性保护与修复重建关键技术体系。
针对农村生活、生产过程中存在的突出生态环境问题，以保护和恢复农村自然生态功能、构建社会主义新农村为目标，2010年重点开展农业面源污染控制技术筛选与评估以及农村人居环境综合整治技术及其配套政策研究。
五、固体废物及化学品领域
针对危险废物、化学品对环境和人体健康的特殊危害、现有污染防治与管理水平与环境保护目标的差距，2010年重点开展医药废渣、煤化工残渣、有色金属矿渣及其冶炼渣等影响面较大的特殊危险废物处理处置和利用过程及其再生产品的环境安全性评价和环境风险控制技术研究；开展水泥窑、电厂锅炉、炼铁高炉等工业窑炉以及生活垃圾焚烧炉共处置危险废物环境风险评价和环境风险控制技术研究；开展区域性危险废物集中处置设施最佳管理模式和环境风险控制技术研究；开展有毒化学品污染控制与管理技术研究。
