到2012年，初步建立中医药参与传染病防治的组织机制和科研组织模式，搭建形成信息平台和基本数据库，产生一批中医药防治传染病的技术成果，形成若干临床实践性强、效果稳定可靠的中医诊疗方案，初步形成临床科研结合的中医药防治传染病人才队伍，初步建立临床科研结合、信息交流及时、研究方法规范、科学支撑有力的中医药防治传染病临床科研体系。
（三）建设任务
1．完善组织管理。各级中医药管理部门要健全中医药防治传染病组织领导机制，确保与相关部门的协调沟通顺畅；不断完善各级专家委员会及其工作制度；完善中医药参与传染病临床应急救治保障机制，确保中医药第一时间介入开展临床科研工作。
2．建立运行机制。各级中医药管理部门要建立 “临床与科研结合、中西医结合、平战结合、继承创新结合、管产学研用结合”的临床科研体系建设和运行机制，按照“国家部署，省局协调，专家指导，中心组织，单位负责” 的职责进行组织管理。
3．畅通信息渠道。相关部门和单位要协调建立中医药防治传染病信息沟通方式和机制，及时汇总全国各地区有关临床科研信息，形成数据库和信息服务平台，实现应急信息快速传递、研究数据详实有据、体系各方资源共享。
4．开展科学研究。重点研究室建设单位要按照肯定疗效、规范标准、发现机理的重点任务，明确优势领域，开展相关临床、药物筛选等研究，解决临床防治中的关键科学问题和技术难题，为中医药防治传染病临床一线救治和预防提供科技支撑，深入开展高水平的多中心研究，提供中医药防治传染病的高级别循证医学证据。同时系统梳理各地中医药防治疫病的经验和理论，开展基础性、培育性研究；在临床实践和科学研究基础上总结提炼，进一步丰富中医药防治疫病理论。
5．开展临床救治。临床基地建设单位要在中医药理论指导下，充分发挥中医药防治传染病的特色和优势，开展医疗救治，制定实施中医药诊疗方案，并定期对实施情况进行总结评估，不断修订优化诊疗方案，不断提高救治水平。
6．组建人才队伍。各地中医药管理部门要组建中医药应急救治的一线、二线专家队伍，加强人员培训，提高传染病防治的临床能力和科研素质。
六、保障措施
（一）组织保障
加强对中医药防治传染病临床科研工作的组织领导，地方各级卫生行政部门要将中医药纳入卫生应急体系总体规划；中医药管理部门要建立本地区中医药防治传染病领导管理机制；相关建设单位要完善中医药参与传染病的应急救治和科研组织机制。
（二）人员保障
