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5.3.5当受审核方体系覆盖了多个场所时，认证机构应对每一生产场所实施现场认证审核，以确保审核的有效性。当受审核方将影响食品安全的重要生产过程采用委托加工等方式进行时，除非被委托加工组织的被委托加工活动已获得相应的危害分析与关键控制点（HACCP）体系或食品安全管理体系认证，否则应对委托加工过程实施现场审核，。
5.3.6对于审核中发现的不符合，应出具书面不符合报告，要求受审核方在规定的期限内分析原因，并说明为消除不符合已采取或拟采取的具体纠正和纠正措施，并提出明确的验证要求。认证机构应审查受审核方提交的纠正和纠正措施，以确定其是否可被接受。
5.3.7产品安全性验证
为验证危害分析的输入持续更新、危害水平在确定的可接受水平之内、HACCP计划和操作性前提方案得以实施且有效，特别是产品实物的安全状况等情况，适用时，在现场审核或相关过程中需要采取对申请认证产品进行抽样检验的方法验证产品的安全性。
认证机构可根据有关指南、标准、规范或相关要求策划抽样检验活动。抽样检验可采用以下三种方式：
（1）委托具备相应能力的检测机构完成；或
（2）由现场审核人员利用申请人的检验设施完成；或
（3）由现场审核人员确认由其他检验机构出具的检验结果的方式完成。
当采用利用申请人的检验设施完成检验时，认证机构应提出对所用检验设施的控制要求；当采用确认由其他检验机构出具检验结果的方式完成检验时，认证机构对此应提出以下相应的控制要求：
--检验结果时效性的合理界定；
--出具检验结果的检验机构应具备的条件；
--检验结果中的检验项目不全时的处理方式。
5.3.8审核时间
认证机构应根据食品链中的行业类别、产品生产加工过程复杂程度、申请人的规模、认证要求和其所承担的风险等，在满足GB/T22003 《食品安全管理体系 审核与认证机构要求》对最少审核时间要求的基础上，策划审核时间，以确保审核的充分性和有效性。
5.4认证决定
5.4.1综合评价
认证机构应根据审核过程中收集的信息和其他有关信息，对审核结果进行综合评价，特别是对产品的实际安全状况进行评价。必要时，认证机构应对申请人满足所有认证依据的情况进行风险评估，以做出申请人所建立的食品安全管理体系能否获得认证的决定。
认证机构在做出认证决定时，应获得GB/T22003 《食品安全管理体系 审核与认证机构要求》有关初次认证的所有信息，且所有不符合已关闭。
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