根据国务院发布的《方案》，为了实现医药卫生体制改革的目标， 2009-2011年各级政府将增加投入8500亿元的巨额资金。加强对政府卫生投入资金使用情况的监督管理，是确保医改资金投入与使用安全、规范、透明和有效的重要机制。注册会计师作为社会经济监督体系的重要力量，要认真落实
财政部等部委《关于完善政府卫生投入政策的意见》中有关“充分发挥会计师事务所等有资质社会中介组织的审计监督作用”的精神，积极参与医改资金的审计监督工作，确保医改资金的使用安全，确保医改投入能够真正转化为有效的医疗服务。
在医改资金投入和使用情况的审计过程中，注册会计师应重点关注以下问题：
（一）政府举办的基层医疗卫生机构的基本建设和设备购置等发展建设支出的政府补助资金使用情况。
（二）政府举办的基层医疗卫生机构的经常性收入、经常性支出的核定情况，以及政府核定的差额补助资金的使用情况。
（三）政府对包括公立医院在内的各类医疗机构承担的公共卫生任务、公立医院重点学科建设项目所给予的专项补助资金的使用情况，以及政府购买医疗服务成本的核定情况。
（四）专业公共卫生服务机构以及实行收支两条线管理的基层医疗卫生机构按照规定取得的收入，上缴国库或财政专户管理的情况。
三、大力支持公立医院改制重组和医药企业收购整合
《意见》明确提出，鼓励和引导社会资本发展医疗卫生事业。其中包括，积极引导社会资本以多种方式参与包括国有企业所办医院在内的部分公立医院改制重组，鼓励社会资本依法兴办非营利性医疗机构，等等。
投资主体多元化、投资方式多样化办医体制的逐步形成，公立医院的改制重组将日益增多，药品生产流通企业的收购整合也将不断涌现。注册会计师应当充分利用在企业改制、重组、并购等专项服务中形成的专业优势和积累的丰富经验，为公立医院改制重组和医药企业收购整合，提供高质量的审计和咨询等服务。
此外，适应各类投资主体的不同特点和需求，注册会计师应当积极为医疗机构内部控制制度的设计、成本费用的控制、管理流程的规范等提供专业服务，并积极承办代编财务信息和税务代理等咨询服务，帮助医疗机构提高财务信息质量和综合管理水平。
