针对审计调查发现的问题，发展改革委、财政部等部门认真研究完善政策制度，督促地方整改。财政部按照国务院要求，迅速向10省（区、市）逐类逐项核实问题，下发了进一步加强财政支农资金审计调查发现问题整改工作的通知，并对违规违纪问题进行了处理。10省（区、市）政府积极采取措施，逐级落实责任，及时进行整改。对财政支农投入未达到要求比例和部分项目建设未达到设计要求或预期目标的问题，相关地方制定了加大财政支农投入的相关制度和考核激励办法，加快了工程建设进度，加强了工程建设管理。截至2009年10月底，违规使用的26.93亿元支农资金，已整改26.37亿元，占违规资金总额的98%，其中挪用5837.4万元建房买车的问题已全部纠正。
（三）种粮农民补贴资金审计调查发现问题的整改情况。
根据审计调查情况，财政部加强了对良种补贴工作的指导和管理，会同有关部门对良种补贴政策执行中的各个环节进行了深入调研和论证，制定了《2009年中央财政农作物良种补贴项目实施指导意见》及《中央财政天然橡胶良种补贴资金管理办法》，正在制定《
中央财政农作物良种补贴资金管理办法》。对非种粮或非耕种土地享受补贴、已种粮土地应得未得补贴及资金拨付不及时的问题，有关地方政府已责成财政、农业等部门，完善相关制度措施，确保补贴资金及时足额拨付到位，补贴资金发放给应享受补贴的种粮农民。截至2009年10月底，审计调查发现的问题已基本得到整改。
六、应对国际金融危机相关审计调查发现问题的整改情况
针对审计调查发现的部分中央新增投资项目配套资金不到位等问题，发展改革委和财政部制定了《关于进一步加强扩大内需中央投资项目管理有关问题的紧急通知》，要求各地确保项目100%开工建设、地方配套资金100%落实和检查中发现的问题100%整改到位，确保地方政府债券资金优先用于中央投资项目地方配套资金；对达不到“三个百分之百”考核目标的，将调减或暂停安排中央投资。有关地方积极采取措施，加快资金落实和项目管理，促进项目建设尽快形成实物工作量。对有些扶持中小企业的政策措施未落实到位的问题，发展改革委等部门研究提出了改进措施。
七、环境保护专项审计调查发现问题的整改情况
针对审计调查发现的问题，环境保护部、发展改革委等部门和相关地方政府进一步完善了有关政策措施，逐项加以整改。对水污染防治措施在部分地区未能完全落实和监管不到位的问题，截至2009年10月底，环渤海地区未按计划开工建设的23座污水处理厂中，有22座已开工建设，另1座因企业已采取节水环保等措施不需要再建设；未建成污水集中处理设施的15个经济开发区中，有14个已开工建设；海洋局封闭了7个超期使用的临时性海洋倾倒区。对水污染防治资金征收管理不够严格的问题，9省（区、市）对无故拖欠污水处理费、排污费等的企业和单位依法采取了强制执行措施；“三河三湖”流域13省（区、市）已追回少征、套取、挪用和截留水污染防治资金20亿元；环渤海地区13个城市已追回少征和违规使用水污染防治资金1.58亿元。各地政府还将环保机构经费全部纳入了同级财政预算予以足额保障，以杜绝挤占、挪用问题再次发生。对41户中央企业污染物排放超标的问题，相关企业正在采取加快淘汰落后设备和技术改造等措施，确保按时完成节能减排任务。
