农业部种植业管理司根据进口单位申请情况，重点审核、确认申请单位的资质、种子用途以及申请免税数量合理性等事项。在财政部、国家税务总局核定的免税计划内，结合进口单位上年免税额度和年初申报计划情况，合理分配免税额度和比例，使符合免税条件的单位尽可能都享受一定比例的免税优惠政策。
（一）对于财政部下达进口免税指标大于或等于上年度免税额度总和的作物种子，按照相关单位上一年度享受的免税额度进行审批；指标如有剩余，按照申请受理的先后顺序合理分配免税额度。
（二）对于财政部下达的免税进口计划指标小于上年度各企业实际免税额度总和的作物种子，按照财政部下达的免税指标与上年度实际享受的免税额度的比例进行审批；指标如有剩余，按照申请受理的先后顺序合理分配免税额度。
（三）某企业某类作物种子上一年度实际享受的免税额度占本年度该作物种子免税计划指标的50% 以上，该企业最高只能享受2009年该类作物种子免税的50% 。
（四）在同等条件下，按照免税申报受理时间先后审批发放免税指标，并向育繁推一体化的龙头企业给予倾斜。
（五）具有下列情形之一的，不予免税：
1.外资企业进口商品种子（苗、球）；
2.中方企业代理外资企业进口的种子（苗、球）；
3.进口对外制种用途的亲本种子（苗、球）；
4.进口自用种植的种子（苗、球）；
5.进口用于高尔夫球场、足球场、度假村或俱乐部等场所建设的种子（苗、球）；
6.进口用于高档消费的种子（苗、球）。
三、其他事项
（一）农作物种子免税申请于12月15日停止受理。农作物种子申请单位在海关免税放行后的10个工作日内，将海关《进出口货物征免税证明》和报关单反馈农业部种植业司备案，并于每年12月20日前提交本年度种子免税进口情况总结和下一年度免税进口计划；因生产计划变动等原因，已获得审批但实际未进口的，须将审批表退还农业部种植业司并说明原因。未按规定备案或退还审批表的，在补报相关材料之前暂停其免税进口审批；对于本年度草种进口完成量与申报量出入较大的，农业部种植业司将在下一年度核减其免税额度。
（二）免税进口的农作物种子只能用于免税审批表限定的用途和地区，不得挪作它用。对违反规定的进口单位，若经查实，暂停其1-2年免税进口资格。
附件2：
草种进口税收优惠政策实施细则
一、免税申请程序
（一）提出申请。拟从境外免税进口草种的单位，应当先向所在地的省（自治区、直辖市）人民政府草原（畜牧兽医）行政主管部门提出申请，并提交下列资料：
1.《进（出）口草种审批表》（在中国草原网或中国草业网下载，A4纸打印）；
2.《草种经营许可证》、营业执照副本和进出口贸易资格证明；
3.草种特性说明、用途说明和对提交材料真实性的承诺函；
4.进（出）口草种购销合同（原件及其复印件，办结后原件返回申请单位）。
