（一）第一阶段--启动准备阶段（2009年11月中旬）
2009年11月中旬，发文启动检查工作。各流域管理机构和省（自治区、直辖市）水行政主管部门做好相应的准备和部署工作。
（二）第二阶段--自查阶段（2009年11下旬-2010年1月）
2009年11下旬-2010年1月，各省（自治区、直辖市）水行政主管部门会同有关部门对本行政区域的水资源管理工作进行自查；各流域管理机构负责其管辖权限内相关自查工作，并对流域内省（自治区、直辖市）水行政主管部门自查工作进行指导。在自查工作基础上，各流域管理机构和各省（自治区、直辖市）在2010年1月31日前将有关情况、发现的问题、整改意见及有关建议报告水利部。
（三）第三阶段--集中检查阶段（2010年2月-3月）
2010年2月-3月，水利部、国家发展改革委、财政部将联合组成检查组，对流域管理机构和省（自治区、直辖市）水资源管理工作进行集中检查。
（四）第四阶段--总结整改阶段（2010年4月）
2010年4月，水利部、国家发展改革委、财政部将对水资源管理专项检查情况进行汇总总结，对存在的问题进行研究分析，对解决有关问题和下一步工作提出意见和措施。
各流域管理机构和省（自治区、直辖市）有关部门要针对自查和集中检查发现的问题，认真组织整改，制定限期整改措施，积极探索落实各项水资源管理制度的长效机制，研究提出进一步强化水资源管理的对策措施，并于2010年4月30日前将有关整改落实情况向水利部、国家发展改革委和财政部报告，并向人民政府报告。
四、检查要求
（一）加强工作领导
开展水资源管理专项检查，是贯彻落实科学发展观的具体措施，是实施最严格水资源管理制度的重要举措。各流域管理机构和省（自治区、直辖市）水行政主管部门及有关部门要高度重视，加强对专项检查工作的领导，精心组织，周密安排，科学制定检查方案，明确检查重点，抓好工作安排部署和组织实施，确保专项检查工作扎实有序开展，务见实效。要加强宣传，让社会各有关方面充分了解此次专项检查工作的重大意义、方法步骤和具体要求。
（二）严格依法行政
各流域管理机构和各级水行政主管部门及有关部门要严格依法办事，依据法律、法规、规章和政策要求，对检查发现的违法违规问题及时纠正和依法查处。对抗拒检查、屡查屡犯的管理相对人要从严惩处；对性质恶劣、情节严重的主管部门及其工作人员，要依照有关规定提请监察部门追究直接责任人和有关领导的责任。
（三）严肃检查纪律
