1、取水许可申请、受理、审查、决定、发证等环节是否规范；
2、水资源论证申请、受理、审查、决定等环节是否规范，是否按时备案，是否存在与建设项目审批或核准脱节等问题；资质单位开展水资源论证工作情况；
3、入河排污口审查申请、受理、审查、决定、登记等环节是否规范，是否按时备案，是否存在与环评审批相脱节等问题，入河排污口是否普查、登记，档案管理是否完整；
4、取水许可、水资源论证、入河排污口设置是否存在超越审批权限、行政不作为等问题。
（三）水资源费征收使用管理情况
各省、自治区、直辖市制定的水资源费征收使用管理实施办法是否符合国家政策规定；水资源费征收主体、范围、方式、程序是否符合规定，是否存在违规多征、减征、免征、缓征等问题，中央分成水资源费是否足额上缴中央国库；水资源费使用范围是否符合规定，是否主要用于水资源管理、节约和保护工作，是否存在侵占、截留、挪用、坐收坐支等问题。
（四）水资源费征收标准制定和执行情况
制定水资源费征收标准遵循的原则、程序是否符合国家规定，对中央直属和跨省（自治区、直辖市）水电企业是否按照国家规定标准征收水资源费，是否越权出台涉及中央直属和跨省（自治区、直辖市）水电企业新的行政事业性收费项目。
（五）取用水单位和个人履行水资源管理法律法规情况
各类建设项目水资源开发利用活动是否依法办理了水资源论证、取水许可、入河排污口设置审批等手续，是否严格遵守水资源各项管理规定，是否严格按照审批的要求取水、用水和退水，取水计量设施是否安装、运行是否正常，节水"三同时"制度是否落实，是否依法按时缴纳水资源费，是否有瞒报实际取水量（发电量）、拖欠、拒缴水资源费等现象，排污口设置单位和个人退水处理设施运行是否正常，退水水质是否按规定监测，入河水质是否达到水功能区水质要求。
（六）廉政建设情况
各级有关的管理部门廉政制度、行风建设情况，各项行政许可制度和收费是否公开，是否存在人为干涉、弄虚作假的情况，是否存在乱收费、乱罚款、乱摊派情况，是否存在利用职务工作之便谋取私利等行为。
三、组织实施和时间安排
本次水资源管理专项检查工作由水利部、国家发展改革委、财政部共同部署，水利部具体组织实施。
水利部、国家发展改革委、财政部将组成检查组对全国各省（自治区、直辖市）、各流域管理机构的水资源管理情况进行集中检查，正式检查通知另发。
此次专项检查从2009年11月开始，至2010年4 月结束。分为四个阶段进行：
