此外，要做好新农合基金补偿与公共卫生专项补助的衔接，新农合基金只能用于参合农民的医药费用补偿，应由政府另行安排资金的基本公共卫生服务项目不应纳入新农合补偿范围，重大公共卫生服务项目（如农村孕产妇住院分娩）应先执行国家专项补助，剩余部分中的医药费用再按新农合规定给予补偿。有条件的地区可探索公共卫生经费和新农合基金的总额预付等多种支付管理办法。
四、加大基金监管力度，确保基金安全运行
要认真执行财政部、卫生部下发的新农合基金财务会计制度。从基金的筹集、拨付、存储、使用等各个环节着手，规范基金监管措施，健全监管机制，加强对基金运行情况的分析和监控，保障基金安全运行，确保及时支付农民医药费用的补偿款。新农合基金要全部纳入财政专户管理和核算，并实行收支两条线管理，专款专用。经办机构应配备取得会计从业资格证书的专职财会人员，建立内部稽核制度，合理设置财务会计岗位，会计和出纳不得由一人兼任。基金的使用和费用的补偿，要坚持县、乡、村三级定期公示制度，完善群众举报、投诉、咨询等农民参与监督管理的有效形式，畅通信访受理渠道，及时处理群众反映的问题。
为了保证各级新农合财政补助资金及时足额到位，进一步简化补助拨付方式，从2009年起调整中央财政补助资金拨付办法，采取年初预拨、年底结算的方式，加快审核下达中央财政补助资金，同时地方财政补助资金也要及时足额到位。各地要严格执行财政部发布的新农合补助资金国库集中支付管理暂行办法，保证各级财政补助资金直接拨付到县级新农合基金专户，杜绝新农合基金截留、滞留的现象。
五、规范医疗服务行为，控制医药费用不合理增长
要采取多种综合措施规范医疗服务行为。各级卫生部门要加强对定点医疗机构服务行为的行政监管，将定点医疗机构做好新农合工作情况纳入日常工作考核指标体系，对出现的违规违纪行为要按照有关规定严肃处理。要注重发挥协议管理在定点医疗机构管理中的作用，建立健全新农合定点医疗机构的准入和退出机制，通过协议实行动态管理。探索建立本县（市、区）以外定点医疗机构信息沟通和监管制度，由省、市（地）级新农合管理机构确定同级定点医疗机构，并实施监管。对定点医疗机构的检查、用药等行为进行严格监管，合理控制药品费用和大型设备检查。
