第五条 考核工作采用百分制记分，其中水质指标70分，项目指标30分。考核结果分为好（80分以上）、较好（70分以上，80分以下）、一般（60分以上，70分以下）、差（60分以下）。
第六条 重点流域各省（区、市）人民政府按年度对专项规划实施情况进行自查，自查内容除水质指标和项目指标外，还包括治理项目投资完成情况、排污单位的废水达标排放情况、城镇污水处理率和生活垃圾无害化处理率及收费情况、饮用水水源地保护、在线监控设备安装运行及联网情况等。自查报告于次年2月底前报送环境保护部，同时抄送发展改革委、财政部、住房城乡建设部和水利部。
第七条 环境保护部会同发展改革委、监察部、财政部、住房城乡建设部、水利部对重点流域各省（区、市）上一年度专项规划实施情况进行考核，并于每年5月底前将考核结果向国务院报告，经国务院同意后，向社会公告。
考核采用现场核查和重点抽查相结合的方式进行。考核结果为差的，认定为未通过年度考核。
未通过年度考核的省（区、市）人民政府应在30天内向国务院作出书面报告，提出限期整改措施，并抄送环境保护部、发展改革委、住房城乡建设部和水利部。
第八条 考核结果经国务院同意后，交由干部主管部门，依照中央组织部印发的《体现科学发展观要求的地方党政领导班子和领导干部综合考核评价试行办法》的规定，作为对各省（区、市）人民政府领导班子和领导干部综合考核评价的重要依据。
对考核结果为好的，有关部门优先加大对该地区污染治理和环保能力建设的支持力度；对未通过考核的，环境保护部暂停该地区相关流域新增主要水污染物排放建设项目的环评审批。
对未通过考核且整改不到位或因工作不力造成重大社会影响的，监察部门按照《
环境保护违法违纪行为处分暂行规定》（监察部、环保总局令第10号），追究有关人员责任。
第九条 对在考核工作中瞒报、谎报情况的地区，予以通报批评。对直接责任人员，要严肃处理。
第十条 重点流域各省（区、市）人民政府可根据本办法，结合实际情况，制定本地区的专项规划实施情况具体考核办法，确保规划目标的实现。
