第三阶段为重点检查、集中处理阶段（截至2009年6月20日）。

　　本次检查的重点单位是：

　　1.有行政性收费和罚没收入的单位；

　　2.各培训中心、报社、出版社；

　　3.以前检查发现存在“小金库”的单位（含审计署资源环保审计局以前审计发现问题的单位）；

　　4.群众举报有“小金库”问题的单位；

　　5.各派出机构和直属单位的杂志社、宾馆等；

　　6.自查自纠措施不得力、工作走过场的单位。

　　检查选取的单位数量将不低于单位总数的60%，由办公厅、机关纪委、监察部驻部监察局、规划财务司牵头组成四个检查组，分工如下：

　　第一组（由办公厅牵头）：负责检查北戴河环境技术交流中心、兴城环境管理研究中心和有信访反映的单位；

　　第二组（由机关纪委牵头）：负责检查中国环境报社、中国环境科学出版社；

　　第三组（由监察部驻部监察局牵头）：负责检查外协费，重点检查部机关以前年度审计发现外协费存在问题的项目；

　　第四组（由规财司牵头）：负责检查部机关各部门；同时，负责聘请有资质的中介机构检查重点单位、协调各检查组工作、汇总各检查组情况以及日常文件和简报的起草、编发工作。

　　机关各部门、各派出机构和直属单位要积极配合检查组的工作，高度重视检查组发现的问题和建议。重点检查要与规范行政事业单位经营性资产管理、节约和控制行政成本支出、加强银行账户监管，以及行政事业单位发票管理检查、救灾资金管理使用情况检查工作相结合，整体推进，综合实施。

　　对检查发现的“小金库”，除依法进行相关财务处理外，还将对责任单位和责任人员依法予以行政处罚，并依纪依法追究责任。

　　第三阶段工作后，领导小组办公室仍将继续接受社会举报，并不定期的派出检查组进行重点检查。

　　第四阶段为整改落实、建章立制阶段（截至2009年10月底）。

　　机关各部门、各派出机构和直属单位要对专项治理活动进行认真总结，并针对治理工作中发现的问题，制定整改措施、抓好落实，做到资金资产处置到位、违纪责任人员处理到位。严格按照国家有关规定，完善有关管理制度，落实长效管理措施。部领导小组办公室将加强对整改落实情况的督促指导。并请于2009年10月底前将整改报告报送至部领导小组办公室。

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