(十)科技司。
组织拟订公路、水路行业科技、教育、信息化政策并监督实施；组织协调有关重大科技项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；承担涉及综合运输体系的标准协调工作。
(十一)国际合作司(港澳台办公室)。
承办国际和对港澳台合作与交流相关事务，承担有关外事工作；组织有关国际公约的履约和协定的执行工作。
(十二)公安局。
指导航运、海事、港口公安工作，管理交通直属公安队伍。公安局列入公安部序列，由交通运输部、公安部双重领导，党政工作以交通运输部领导为主，公安业务工作以公安部领导为主。
机关党委 负责机关及在京直属单位的党群工作。
离退休干部局 负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
四、人员编制
交通运输部机关行政编制为398名(含两委人员编制7名，援派机动编制3名，离退休干部工作人员编制61名)。其中：部长1名、副部长4名，司局级领导职数56名(含总工程师2名，安全总监1名，总规划师1名，机关党委专职副书记1名，离退休干部局领导职数3名)。
五、其他事项
(一)管理中国民用航空局、国家邮政局。
(二)中国海上搜救中心设在交通运输部，负责组织、协调和指挥重大海上人命搜救、船舶污染事故和重要通航水域清障等应急处置工作，承担国家海上搜救应急反应机制有关具体工作。
(三)由交通运输部牵头，会同国家发展和改革委员会、铁道部等部门建立综合运输体系协调配合机制。交通运输部会同有关部门组织编制综合运输体系规划，承担涉及综合运输体系规划有关重大问题的协调工作。国家发展和改革委员会负责综合运输体系规划与国民经济和社会发展规划的衔接平衡。
(四)城市地铁、轨道交通方面的职责分工。交通运输部指导城市地铁、轨道交通的运营；住房和城乡建设部指导城市地铁、轨道交通的规划和建设。两部门要加强协调配合，确保城市地铁、轨道交通规划与城市公共交通整体规划的有效衔接。
(五)交通运输部长江航务管理局、交通运输部珠江航务管理局为交通运输部派出机构，在所管辖的范围内履行航运行政管理职责。交通运输部长江航务管理局机关行政编制120名。
(六)中华人民共和国海事局(交通运输部海事局)及直属海事机构履行水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验和登记、防止船舶污染和航海保障等行政管理和执法职责。具体机构设置、职责、编制等事项另行规定。
(七)所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
