51. 嘉陵江岩原鲤中华倒刺鲃国家级水产种质资源保护区。
嘉陵江岩原鲤中华倒刺鲃国家级水产种质资源保护区总面积1400公倾，其中核心区面积600公顷，实验区面积800公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于四川省广安市武胜县境内的嘉陵江秀观音至下观音沟段，全长35公里，范围在东经105°20′-106°16′，北纬30°15′-30°21′之间，其东岸是：旧县-中心-真静-铜鼓沱，西岸是：中心-清平-南溪-下观音。核心区位于青滩嘴至何家溪段，长15公里，范围在东经105°47′15″-106°12′35″，北纬30°17′59″-30°20′19″之间。实验区分为两段，第一段位于秀观音至青滩嘴段，长15公里，范围在东经105°20′05″-105°47′15″，北纬30°15′07″-30°17′59″之间；第二段位于何家溪段至下观音沟段，长5公里，范围在东经106°12′35″-106°16′00，北纬30°20′19″-30°20′59″之间。主要保护对象为岩原鲤、中华倒刺鲃，其他保护物种包括胭脂鱼、白甲鱼、大口鲶、黄颡鱼、鲤等。
52. 元江鲤国家级水产种质资源保护区
元江鲤国家级水产种质资源保护区总面积600公顷，其中核心区面积为450公顷，实验区面积为150公顷。核心区保护期为1月1日-5月30日。保护区位于云南省元江水系的红河大桥至南四冲，全长40公里，范围在东经101°39′53-102°22′，北纬23°19′-23°55′之间。其东岸是红河大桥（101°57′25″E，23°38′13.88″N）-热水塘-划船寨-漫林-施垤-普漂-南四冲（102°11′53.70″E，23°27′50.57″N）。其西岸是：桥头（101°57′23.41″E，23°38′12.24″N）-琳琅-鱼种站-县城-小燕-都郎-南四冲（102°11′52.84″E，23°27′47.32″N）。核心区位于红河大桥至南巴冲，范围在东经101°57′24.34″-102°7′32.27″，北纬23°38′13.23″-23°31′19.89″之间。实验区位于南巴冲至南四冲，范围在东经102°7′32.27″-102°11′53.27″，北纬23°31′19.89″-23°27′48.95″之间。主要保护对象为元江鲤，其它保护物种包括罗非鱼、江鳅、甲鱼等。
53. 槟榔江黄斑褶鮡拟鱼晏国家级水产种质资源保护区
槟榔江黄斑褶鮡拟鱼晏国家级水产种质资源保护区总面积为873公顷，其中核心区面积57公顷，实验区面积816公顷，核心区特别保护期为全年。保护区位于云南省腾冲县槟榔江上（属伊洛瓦底江水系），范围在东经97°58′-98°26′，北纬22°46′-25°38′。核心区面积57公顷，范围包括槟榔江主要源头大岔河（三岔河库区以上河段）约19km河道；实验区面积816公顷，包括三岔河大坝形成的一级库区（6.96 km2）、胆扎河（约10km河道）、轮马河（约10km河道）及古永河下段（约20km河道）。保护区主要保护对象为黄斑褶鮡和拟鱼晏，当地称为“上树鱼”。其他保护物种包括特有鱼类：缺须鱼丹、桥街结鱼、桥街墨头鱼、南方裂腹鱼、灰裂腹鱼、软刺裂腹鱼、细身裂腹鱼、全裸重唇鱼、多纹条鳅、盈江条鳅、藏鱼晏、长尾纹胸鮡、细斑纹胸鮡等；两栖类：红瘰疣螈、虎纹蛙、双团棘胸蛙；爬行类：山瑞鳖；哺乳类：水獭；水生植物：腾冲慈菇、普通野生稻等。
54. 澜沧江短须鱼芒中华刀鲶叉尾鲶国家级水产种质资源保护区
澜沧江短须鱼芒中华刀鲶叉尾鲶国家级水产种质资源保护区总面积2000公顷，其中核心区面积694公顷，实验面积1306公顷。核心区特别保护期为2月1日-5月31日。保护区位于云南省澜沧县境内的澜沧江流域，包括两部分：一是黑河段，从思澜公路谦迈桥至澜沧江交汇处，长40公里，面积440公顷，沿途包括：思澜公路谦迈桥-南岭桥-热水塘-新城桥-澜沧江交汇处；二是澜沧江段，从澜沧江上游勐撒到思澜公路86公里处，澜沧江段长58公里，面积1560公顷，沿途包括：澜沧江上游勐撒-腊撒-石戴冒-黑河入澜沧江交汇处-思澜公路虎跳石大桥-思澜公路86公里处（大中河交汇处或澜沧江新大桥）。保护区范围在东经100°10′7″-100°30′53″，北纬22°33′59″-22°53′56″之间。核心区位于黑河段新城桥到澜沧江交汇处，黑河长18公里，面积210公顷；澜沧江段从黑河入澜沧江交汇处至思澜公路86公里处（澜沧江新大桥），澜沧江长18公里，面积484公顷，范围在东经100°15′42″-100°30′53″，北纬22°33′47″-22°38′42″之间。实验区位于黑河段思澜公路谦迈桥到新城桥，黑河长22公里，面积230公顷，范围位于东经100°10′7″-100°15′42″，北纬22°36′32″-22°38′42″之间；澜沧江段从澜沧江上游勐撒到黑河入澜沧江交汇处，澜沧江长40公里，面积1076公顷，范围在东经100°18′14″-100°22′21″，北纬22°53′56″-22°40′49″之间。主要保护对象为短须鱼芒、中华刀鲶、叉尾鲶，其他保护物种包括国家一级保护动物鼋、国家二级保护动物山瑞鳖、小爪水獭、红瘰蝾螈等；鱼类有双孔鱼、红鳍鱼、大鳍鱼、中国结鱼、长丝鱼芒、爪哇鲃鲤、红鳍方口鲃、爪哇四须鲃等澜沧江特有的水生野生动物。
55. 黑河多鳞铲颌鱼国家级水产种质资源保护区
黑河多鳞铲颌鱼国家级水产种质资源保护区总面积6098公顷，其中核心区面积1650公顷，实验区面积4448公顷。核心区特别保护期为每年4月6日-8月31日。保护区地处陕西省西安市周至县境内的黑河流域，包括黑河主河道及大蟒河、陈家河、就峪河等15条支流流域，均为秦岭的北坡。保护区东至赤峪河，西连太白县，南接周至国家级自然保护区，北到黄池河入黑河口，范围在东经107°46′22″-108°26′22″，北纬33°43′07″-34°11′45″之间。核心区位于黑河主河道甘峪湾至钓鱼台，范围在东经107°46′22″-108°12′38″，北纬33°52′01″-34°03′15″之间。实验区位于黑河支流，西至花耳坪河，东至赤峪河，其中包括黄池河、骆峪河、就峪河、柳叶河、陈家河、大蟒河、虎豹河、王家河、清水河、花耳坪河、太平河、板房子河、田峪河、赤峪河，范围在东经107°49′05″-108°26′31″，北纬33°43′07″-34°11′45″之间。主要保护对象是多鳞铲颌鱼，其他保护物种包括渭河裸重唇鱼、山溪鲵、秦巴北鲵、秦岭细鳞鲑、大鲵、水獭等。
56. 黄河洽川段乌鳢国家级水产种质资源保护区
黄河洽川段乌鳢国家级水产种质资源保护区总面积25800公顷，其中核心区面积14300公顷，实验区面积11500公顷。核心区特别保护期为每年3月10日至8月31日。保护区地处陕西省渭南市合阳县境内的黄河流域，东邻主河道山西河界，西接黄土峰塬，南到大荔县华原乡界，北与韩城市芝川镇接壤，主要包括洽川段主河道和沿河湿地的国有滩涂。范围在东经110°24′-110°27′，北纬34°59′-35°26′之间。核心区河道总长40公里，范围在东经110°25′-110°27′，北纬34°59′-35°26′之间。实验区位于防洪堤坝以西至黄土台塬坡脚，包括百良镇的榆林村、坊镇的太里村、洽川镇、县渔业基地、马家庄乡全兴寨村等大片滩涂，范围在东经110°24′-110°25′，北纬34°59′-35°26′之间。主要保护对象为乌鳢，其他保护物种包括黄河鲤、黄河鮎、黄颡鱼、高原鰍等。
57. 白水江重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区
白水江重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区总面积22256公顷，其中核心区面积20934公顷，实验区面积1322公顷。核心区特别保护期为5月1日-9月30日。保护区位于甘肃省陇南市文县境内的白水江，范围在东经104°31′50″-105°24′28″，北纬32°36′08″- 32°21′17″之间，其北岸是马泉-水坝-横丹-蒿坪-马家沟北岸侧；其南岸是尹家坝-田家坝-纸坊-页头坝-大中山-齐心坝南岸侧。核心区有两处，第一处位于白水江干流尚德镇尹家坝至玉垒乡马家沟段，范围在东经104°29′37″- 105°23′55″，北纬32°38′56″- 32°21′14″之间 ；第二处位于白水江支流丹堡河纸坊村至丹堡河入白水江河口段，范围在东经104°30′47″- 104°34′48″，北纬32°29′05″- 32°32′56″之间。实验区有三处，第一处位于尚德镇白水江河湾水域，范围在东经104°29′37″-104°31′50″，北纬32°36′08″-32°38′56″之间；第二处位于玉垒乡马家沟村至尚德镇金口坝村核心区周边，范围在东经105°23′55″-105°24′28″，北纬32°21′14″-32°21′17″之间；第三处位于丹堡河核心区周边，范围在东经104°29′25″-104°30′47″，北纬32°28′48″-32°29′05″之间。主要保护对象为重口裂腹鱼，其他保护物种包括齐口裂腹鱼、裸裂尻鱼、赤眼鳟、多鳞铲颌鱼等土著鱼类。
58. 洮河扁咽齿鱼国家级水产种质资源保护区
洮河扁咽齿鱼国家级水产种质资源保护区总面积3289.4公顷，其中核心区面积2446.2公顷，实验区面积843.2公顷。核心区特别保护期为4月1日-8月31日。保护区位于甘肃省碌曲县境内，主要包括洮河在碌曲段流域面积及其支流。核心区位于李恰如牧场的莫尔仓至玛艾镇达尔宗以及西仓乡新寺至小阿拉、拉仁关乡则岔至西仓乡贡去乎，由三段组成：第一段从莫尔仓（102°10′5.88″E、34°17′32.51″N）开始到玛艾镇达尔宗（102°27′43.24″E、34°36′39.32″N）结束，长119.2公里，沿途包括：科才曲石彭塘（102°14′31.98″E、34°37′48.02″N）至合青隆（102°20′36.99″E、34°36′30.05″N），长11.5公里、195.5公顷，代卜桑曲赛尔龙（102°9′38.41″E、34°30′0.83″N）至红科村汇入洮河点（102°17′6.03″E、34°33′37.30″N），长15.9公里、270.3公顷，周可河麦隆滩（102°16′32.35″E、34°21′27.86″N）至红科村汇入洮河点（102°14′15.26″E、34°28′24.67″N），长13.6公里、231.2公顷；第二段从西仓乡新寺（102°33′50.51″E， 34°33′54.85″N）开始到西仓乡小阿拉（102°37′13.13″E、34°32′33.52″N）结束，长6.7公里，面积为113.9公顷；第三段从则岔（102°40′47.33″E、34°21′2.65″N）开始至贡去乎（102°40′32.57″E、34°29′55.99″N）结束，长18.1公里，面积306公顷。实验区河流长49.6公里，面积843.2公顷，从碌曲县西仓乡小阿拉（102°37′13.13″E、34°32′33.52″N）开始到阿拉乡吾乎扎 （102°54′31.79″E、34°38′28.25″N）结束。主要保护对象为扁咽齿鱼，其他保护物种包括厚唇重唇鱼、裸裂尻鱼、花斑裸鲤、似鲶高原鳅、小眼高原鳅、硬刺高原鳅、黑体高原鳅、壮体高原鳅、水獭等。
