8. 珲春河大麻哈鱼国家级水产种质资源保护区
珲春河大麻哈鱼国家级水产种质资源保护区总面积4375公顷，长度43.75公里，其中核心区面积为1094公顷，实验区面积为3281公顷。核心区特别保护期为4-10月。保护区位于吉林省珲春市境内图们江一级支流珲春河段，范围在东经130°15′00″-130°30′07″，北纬42°43′00″-43°50′08″之间，呈南北走向，保护区最大宽度1公里。核心区范围在东经130°27′15″-130°36′45″，北纬42°54′00″-42°58′30″；实验区范围在东经130°14′30″-130°29′45″，北纬42°43′40″-42°58′25″。主要保护对象为大麻哈鱼、日本七鳃鳗、滩头鱼，其他保护物种包括马苏大马哈鱼、驼背大马哈鱼、花羔红点鲑、细鳞鱼等。
9. 黑龙江嘉荫段黑斑狗鱼雅罗鱼国家级水产种质资源保护区
黑龙江嘉荫段黑斑狗鱼雅罗鱼国家级水产种质资源保护区总面积2350公顷，其中核心区面积 1271.9公顷，实验区面积1078.1公顷。核心区特别保护期为每年的4月20日-10月31日。保护区位于黑龙江省嘉荫县江段，即黑龙江干流航道530km-500km的30km江段和黑龙江干流我国一侧的大马莲站河、上莲江口河、莲江口河、无名河、嘉荫河等五条支流及滩涂、沼泽。范围在东经130°37′40″-130°46′20″，北纬48°29′0″- 48°20′48″之间。其北岸为与俄罗斯界江线。其南岸是大马莲站河、上莲江口河、莲江口河、无名河、嘉荫河等五条支流及滩涂、沼泽。核心区位于黑龙江干流航道500km至516km的16km江段和黑龙江干流我国一侧支流嘉荫河长度30km及所属滩涂、沼泽。范围在东经130°45′45″-130°46′20″，北纬48°29′8″- 48°20′48″之间。实验区位于黑龙江干流航道516km-530km的14km江段和黑龙江干流我国一侧的大马莲站河、上莲江口河、莲江口河、无名河等四条支流及滩涂、沼泽，范围在东经130°37′40″-130°46′20″，北纬48°29′00″- 48°20′48″之间。主要保护对象为黑斑狗鱼、雅罗鱼，其它保护物种包括大马哈鱼、乌苏里白鲑、哲罗鱼、细鳞鱼、黑龙江茴鱼、雷氏七鳃鳗等。
10. 松花江乌苏里拟鲿细鳞斜颌鲴国家级水产种质资源保护区
松花江乌苏里拟鲿细鳞斜颌鲴国家级水产种质资源保护区总面积4370公顷，其中核心区面积1870公顷，实验区面积2500公顷。保护区核心区特别保护期为5月25日-7月10日。保护区位于黑龙江省富锦市境内上街基镇西北，范围在东经131°42′52″-131°26′40″，北纬47°11′54″-47°15′48″之间，西起二道江上口，东至葡萄架通下端，北起松花江富锦段右岸，南至二道江南岸至小黄河、郑才河等所属水域。核心区范围在东经131°26′40″-131°42′52″，北纬47°13′11″-47°15′48″之间，北起松花江富锦段右岸，南至二道江右岸。实验区范围在东经131°27′36″-131°35′57″，北纬47°11′54″-47°14′30″之间，北起二道江右岸，南至小黄河、郑才河等所属水域。主要保护对象为乌苏里拟鲿、细鳞斜颌鲴，其他保护物种包括鲤、鲢、鲫、六须鲶、翘嘴鲌、草鱼、鳜、鳊、雅罗鱼、哲罗鱼等。
11. 黑龙江李家岛翘嘴鲌国家级水产种质资源保护区
黑龙江李家岛翘嘴鲌国家级水产种质资源保护区总面积2280公顷，其中核心区面积750公顷，实验区面积1530公顷。核心区特别保护期为5月30日-8月31日。保护区位于黑龙江省鹤岗市绥滨县东北部黑龙江中下游李家岛水域，范围在东经131°40'03″-131°52'16″，北纬 47°38'24″-47°42'43″之间。核心区位于黑龙江主航道我国一侧李家岛水域及所属的滩涂、沼泽；黑龙江主航道340km-333km，范围在东经131°44'12"-131°49'56"，北纬 47°38'24"-47°40'48"之间。实验区包括两部分，第一部分位于黑龙江绥滨县我国一侧李家岛上游黑龙江主航道340km至345km，范围东经 131°40'03″-131°44'12"，北纬 47°41'46″-47°41'58"之间；第二部分位于黑龙江绥滨县我国一侧李家岛下游黑龙江主航道333km至331km及所属滩涂、沼泽、水域，范围在东经131°49'56"-131°52'16"，北纬 47°40'02″-47°40'45"之间。主要保护对象为翘嘴鲌，其他保护物种包括长春鳊、鳜鱼、东北雅罗鱼、乌苏里白鲑、哲罗鱼、细鳞鱼、黑龙江茴鱼、七鳃鳗等。
12. 长江大胜关长吻鮠铜鱼国家级水产种质资源保护区
长江大胜关长吻鮠铜鱼国家级水产种质资源保护区总面积7421.03 公顷，其中核心区面积403.43 公顷，实验区面积7017.60公顷。核心区特别保护期为4月1日-6月30日。保护区位于江苏省南京市江宁区、雨花区、浦口区、建邺区和下关区的长江江段，范围在东经118°29′32″-118°43′34″，北纬31°49′56″-32°05′35″之间。其北岸是：驻马河、骚狗山、啧河、七坝、西江口、九袱洲、棉花码头；南岸是：立山、仙人矶、下三山、新沟、大胜关、秦淮新河、三汊河。保护区江段总长40公里，其中核心区为秦淮新河口至建邺区江心洲尾北岸的长江大胜关水道，范围在东经118°39′31″-118°43′26″，北纬31°58′41″-32°04′21″之间。实验区为江宁区新济洲头至潜洲尾的长江江段，范围在东经118°29′32″-118°43′34″，北纬31°49′56″-32°05′35″之间。主要保护对象为长吻鮠、铜鱼，其他保护物种包括中华鲟、胭脂鱼、中华绒螯蟹、刀鲚、暗纹东方鲀、江黄颡、长鱯等。
13.固城湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区
固城湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区总面积500公顷，其中核心区面积300公顷，实验区面积200公顷。核心区特别保护期为每年3月1日至9月15日。保护区位于江苏省高淳县固城湖北部的永联圩畔，范围在东经118°54′23″-118°56′53″，北纬31°17′20″-31°18′33″之间。保护区是由4个拐点连线围成的区域，拐点坐标分别为（118°54′23″E，31°18′11″N；118°54′23″E，31°17′20″N；118°56′47″E，31°17′20″N；118°56′53″E，31°18′32″N）。核心区范围在东经118°54′40″-118°56′33″，北纬31°17′36″-31°18′20″之间，是由4个拐点围成的区域，拐点坐标分别为（118°54′42″E，31°18′2″N；118°54′40″E，31°17′36″N；118°56′18″E，31°17′38″N；118°56′33″E，31°18′20″N）。保护区内除核心区外为实验区。主要保护对象为中华绒螯蟹，其他保护物种包括青虾、青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲤、鲫、鳊、翘嘴红鲌、红鳍鲌、鳜、黄颡鱼等物种。
14.高邮湖大银鱼湖鲚国家级水产种质资源保护区
高邮湖大银鱼湖鲚国家级水产种质资源保护区总面积4457公顷，其中核心区面积996公顷，实验区面积3461公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于江苏省高邮市、金湖县的高邮湖，范围在东经119°15′-119°22′，北纬32°53′-32°56′之间。保护区东以六安闸航道西部为起点，向南延伸4765米至马棚湾航道中部；南沿马棚湾航道向西延伸3651米，至金湖县境内拐向西南至朱桥圩；西由朱桥圩转向朱尖南，并延伸1700米至石坝尖；北由石坝尖延伸4237米至新民村硬滩地，再向东延伸5207米至六安闸航道西部。核心区位于整个保护区中部，东从马棚湾主航道中部向北1200米处为起点，向北延伸2454米至修复区西北基地；北从修复区西北基地向西南延伸4132米至石坝尖外1500米处；西由石坝尖外1500米处向东南延伸2641米至高邮、金湖交界水域；南从高邮、金湖交界水域向东北延伸3719米至马棚湾主航道中部向北1200米处。实验区为保护区中除核心区以外的水域。主要保护对象是大银鱼、湖鲚，其他保护物种包括环棱螺、三角帆蚌、黄蚬、秀丽白虾、日本沼虾、鲤、鲫、长春鳊、红鳍鲌、翘嘴鲌、鳜、黄颡鱼等。
15. 长江扬州段四大家鱼国家级水产种质资源保护区
长江扬州段四大家鱼国家级水产种质资源保护区总面积2000公顷，其中核心区面积200公顷，实验区面积1800公顷。核心区特别保护期为全年。保护区地处江苏省扬州市的长江江段，位于太平闸东 （119°31′01"E，32°25′42"N），万福闸西（119°30′25"E，32°25′36"N），三江营夹江口（119°42′05"E，32°18′98"N），小虹桥大坝（119°30′51"E，32°16′72"N），西夹江（翻水站）（119°27′94"E， 32°17′91"N）之间。核心区是由以下10个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域：东大坝北首（119°31′35"E， 32°19′20"N）-沙头镇强民村（119°33′58"E，32°19′37" N）-西大坝北头（119°28′37"E， 32°18′13" N）-施桥镇永安村（119°29′20" E，32°16′44"N）-施桥镇顺江村（119°30′51"E，32°16′72"N）-沙头镇小虹桥村（119°30′41" E，32°16′48"N）-猪场（119°28′09"E，32°18′19"N）-场部（119°28′47" E，32°18′00"N）-沙头镇三星村（E119°30′21"，32°18′43"N）-李典镇田桥闸口（119°34′06" E， 32°20′32" N）；实验区范围为以下14个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域：李典镇田桥闸口（119°34′06" E，32°20′32"N）-东大坝北首（119°31′35"E，32°19′20"N）-霍桥镇码头（119°31′04"E，32°20′40"N）-廖家沟大桥西（119°30′49"E，32°23′17"N）-湾头镇联合村（119°30′33"E，32°24′06"N）-湾头镇夏桥村杭庄（119°31′13"E，32°24′35"N）-杭集镇耿营（119°31′12"E，32°24′08"N）-廖家沟大桥东（119°31′21"E，32°23′19"N）-杭集镇丁家口涵（119°31′12"E，32°22′12"N）-杭集镇八圩高滩涵（119°31′50" E，32°20′18"N）-李典镇田桥闸口（119°34′06"E， 32°20′32"N）-杭集镇新联村七圩（119°35′00"E，32°21′22"N）-头桥镇九圣村江边（119°41′43"E，32°17′48"N）-头桥镇头桥闸口（119°39′11"E，32°20′37"N）。主要保护对象是青鱼、草鱼、鲢、鳙和中华绒螯蟹，其他保护物种包括长江刀鱼、胭脂鱼、江豚、中华鳖、青虾、皱纹冠蚌等。
