借：与下级往来
贷：其他财政存款
年度终了，根据预算文件进行账务处理，会计分录为：
借：补助支出
贷：与下级往来
（五）县级财政部门将本级承担的新农合补助资金通过特设专户直接支付到市级社保基金财政专户的，市级财政总预算会计不记账，县级财政总预算会计根据特设专户代理银行转来的付款凭证回单进行账务处理，会计分录为：
借：一般预算支出
贷：其他财政存款
二、市、县级社保基金财政专户会计核算
（一）新农合补助资金和其他来源的新农合基金纳入社保基金财政专户管理后，社保基金财政专户相应增设“406新型农村合作医疗基金收入”、“506新型农村合作医疗基金支出”、“306新型农村合作医疗基金结余”三个一级会计科目及明细分类账，并按照《财政部关于印发〈
社会保障基金财政专户会计核算暂行办法〉的通知》（财社字[1999]118号）有关要求进行账务核算。
（二）“新型农村合作医疗基金收入”科目核算社保基金财政专户收到的参合农民个人缴纳、集体扶持、政府资助筹集的新农合基金收入。该科目按照资金来源设置二级明细科目，包括：农民个人缴费收入、农村医疗救助资助收入、集体扶持收入、财政补贴收入、上级补助收入、下级上解收入、利息收入、其他收入。其中，“农民个人缴费收入”科目核算参合农民按照规定的缴费标准缴纳的资金收入；“农村医疗救助资助收入”科目核算农村医疗救助资金代资助对象缴纳的资金收入；“集体扶持收入”科目核算乡（镇）、村等集体经济组织扶持新农合的资金收入；“财政补贴收入”科目核算财政补助新农合的资金收入；“上级补助收入”科目核算上级社保基金财政专户下拨的新农合基金收入；“下级上解收入”科目核算下级社保基金财政专户上解的新农合基金收入；“利息收入”科目核算新农合基金存入银行所取得的利息收入；“其他收入”科目核算社会组织和个人对新农合的捐赠收入及经财政部门核准的其他收入。
社保基金财政专户收到新农合基金收入时，根据社保基金财政专户代理银行转来的收款凭证记账，会计分录为：
借：银行存款
贷：新型农村合作医疗基金收入--财政补贴收入等
