第二十五条 对没收非法收入和给予罚款处罚的，由检查单位根据下列不同情况采取不同方式实施：
（一）违章当事人为水路运输企业或其他单位、水路运输服务企业的，由检查机关在当地按本规定实施罚款处罚。
（二）违章当事人为营业性运输船舶的：
１．属于县或县以上全民和集体水运企业或其他单位的船舶，由检查机关向当事船舶送达《水路运输违章处罚通知书》，放行船舶；检查机关负责将《水路运输违章处罚通知书》寄送船舶所属的企业或单位，该企业或单位在接到通知书的十五日内，应将被没收的非法收入、罚款如数交给施行处罚的检查机关，检查机关在收款后三日内，应开具收款凭据并负责寄返被处罚的企业或单位。
２．本条（二）项１目规定企业或单位以外的船舶，由检查机关向当事船舶送达《水路运输违章处罚通知书》，直接向当事船舶没收非法收入或收取罚款，并给当事船舶出具收款凭据。
第二十六条 对给予停业整顿、取消经营资格处罚的，由检查机关根据不同情况采取不同方式实施：
（一）违章当事人为水路运输企业或其他单位、水路运输服务企业的，由检查机关在当地按本规定实施停业整顿、取消经营资格的处罚。
（二）违章当事人为营业性运输船舶的：
１．属于县或县以上全民和集体水运企业或其他单位的船舶，由检查机关向当事船舶送达《水路运输违章处罚通知书》，放行船舶；检查机关再负责通知原发证的交通主管部门或航管部门对该船舶实施停业整顿、取消经营资格的处罚。
２．本条（二）项１目规定企业或单位以外的船舶，由检查机关向当事船舶送达《水路运输违章处罚通知书》并直接实施停业整顿、取消经营资格的处罚。对给予取消经营资格处罚的，检查机关应在三日内负责将扣缴的《船舶营业运输证》寄回原发证的交通主管部门或航管部门办理吊销手续。
第二十七条 对应补缴规费、运输管理费的，由检查机关根据下列不同情况采取不同方式补征：
（一）当事人为水路运输企业或其他单位、水路运输服务企业的，由检查机关在当地按本规定实施，征收应补缴的费款和滞纳金，并出具缴讫证。
（二）当事人为营业性运输船舶的：
１．属于县或县以上全民和集体水运企业或其他单位的船舶，由检查机关向当事船舶送达《水路运输违章处罚通知书》，放行船舶；检查机关再负责通知应征收规费、运输管理费的交通主管部门或航管部门，由其按有关规定向当事船舶所属的企业或单位补征费款和滞纳金，出具缴讫证，并将缴讫证复印件及百分之五的手续费寄给检查单位。
