（一）警告；
（二）罚款；
（三）停业：分限期停业整顿和取消经营资格。
由违章行为取得非法所得的，在给予上述处罚的同时，没收非法所得。
第七条 根据本规定给予警告处罚的，对违章船舶，应在《船舶营业运输证》违章记录栏内予以记录；对违章单位应记录在案。一年内（指自然年，下同）《船舶营业运输证》记载三次以上警告处罚的，扣留《船舶营业运输证》，责令其停止营运，进行整顿；一年内《船舶营业运输证》记载五次以上警告处罚的，取消营运资格。一年内经营单位受到三次以上警告处罚的，责令其停业整顿；一年内经营单位受到五次以上警告处罚的，取消其经营资格。
第八条 根据本规定给予停业整顿处罚的，最长不得超过六十日。在停业整顿期限内，同时扣留《水路运输许可证》、《水路运输服务许可证》、《船舶营业运输证》。超过限期拒不整顿的，取消其经营资格。
第九条 根据本规定给予取消经营资格处罚的，吊销其《水路运输许可证》、《水路运输服务许可证》、《船舶营业运输证》。对水路运输企业、水路运输服务企业以及个体运输户（联户）同时转请工商行政管理机关吊销其工商营业执照。
第十条 同一当事人有两种以上违章行为的，应分别处罚，合并执行。
第十一条 两个以上当事人共同发生违章行为的，应根据情节轻重，分别处罚。
第十二条 对违章行为的处罚应处罚责任人。
第十三条 在一次运输过程中，同一违章行为已由一个交通主管部门或航管部门作了处罚的，其他交通主管部门或航管部门不得重复处罚。
第十四条 因违章事实不清或其他原因需要待后处理的，或处罚决定需要报上级机关核准的，或违章行为要由船舶单位所在地交通主管部门或航管部门处理的，应收存《船舶营业运输证》，签发《船舶营运待理证》（样式附后），允许船舶继续运行，在限定期限内到指定交通主管部门或航管部门接受处理。
《船舶营运待理证》由乡（镇）以上交通主管部门或航管部门签发。
第十五条 违章当事人妨碍航管人员执行公务，构成违反治安管理行为的，移送公安机关处理；触犯刑律的，由司法机关依法追究刑事责任。
