企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。
第十一条 企业申请研究开发费加计扣除时，应向主管税务机关报送如下资料：
（一）自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。
（二）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
（三）自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。
（四）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
（五）委托、合作研究开发项目的合同或协议。
（六）研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
第十二条 企业实际发生的研究开发费，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，再依照本办法的规定计算加计扣除。
第十三条 主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。
第十四条 企业研究开发费各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
第十五条 企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。
第十六条 企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。
第十七条 企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团集中研究开发项目实际发生的研究开发费，应当按照权利和义务、费用支出和收益分享一致的原则，合理确定研究开发费用的分摊方法。
第十八条 企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
