十、监管措施
海事管理机构对从事经营两岸间航运业务的船舶依法实施监管。对未经许可擅自从事经营两岸间航运业务的船舶，海事管理机构不得为其办理进出港口手续，对非法从事经营两岸间航运业务的船舶依法处罚。交通运输部将对违规从事经营两岸间航运业务的航运公司及其船舶代理人依法予以查处。
十一、互设机构
两岸航运公司可在对方设立办事机构及经营性机构，开展相关业务。
台湾航运公司申请在大陆设立经营性机构，按照《关于促进台湾海峡两岸海上直航政策措施及实施事项的公告》（交通部2007年第22号公告）规定办理。
十二、互免税收
两岸航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税及所得税。
台湾航运公司应依照大陆财政、税务主管部门的相关规定，办理大陆的免税手续。
十三、联系协商
两岸海上直航实施中需要进一步细化的事项，由海峡两岸航运交流协会和台湾海峡两岸航运协会联系协商后，报请有关单位研究解决。
十四、生效日期
本公告自2008年12月15日起施行。
附件：海峡两岸海上直航大陆港口（港区）名单
中华人民共和国交通运输部
二○○八年十二月十日
附件
海峡两岸海上直航大陆港口（港区）名单
（共计63个）
丹东、大连、营口、唐山、锦州、秦皇岛、天津、黄骅、威海、烟台、龙口、岚山、日照、青岛、连云港、大丰、上海、宁波、舟山、台州、嘉兴、温州、福州、松下、宁德、泉州、肖厝、秀屿、漳州、厦门、汕头、潮州、惠州、蛇口、盐田、赤湾、妈湾、虎门、广州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、钦州、海口、三亚、洋浦等48个海港，以及太仓、南通、张家港、江阴、扬州、常熟、常州、泰州、镇江、南京、芜湖、马鞍山、九江、武汉、城陵矶等15个河港。
（注：台湾方面直航港口为11个，包括：基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花莲、麦寮、布袋（先采专案方式办理）等6个港口，以及金门料罗、水头、马祖福澳、白沙、澎湖马公等5个“小三通”港口。）
