交通运输部自收到齐全、有效的申请文件之日起20日内，决定许可或者不许可，并书面通知申请人。
省、自治区、直辖市交通运输主管部门应在收到抄报的申请文件后10日内提出意见报送交通运输部。
八、许可证书
获准许可的航运公司及其船舶，由交通运输部分别核发新的《台湾海峡两岸间水路运输许可证》和《台湾海峡两岸间船舶营运证》，并使用“台湾海峡两岸间水路运输审批专用章”。
班轮航线挂港、营运船舶发生变更的，航运公司应提前10日申请换发《台湾海峡两岸间船舶营运证》。
原《台湾海峡两岸间水路运输许可证》和《台湾海峡两岸间船舶营运证》自2009年1月1日起停止使用。
获准许可的航运公司及其船舶名单将在交通运输部网站公布。
九、特别事项
（一）运力投放按照平等参与、有序竞争、双向直航、互惠互利的原则，结合两岸贸易、人员往来需求和航运市场状况，合理安排运力。
（二）两岸资本并在香港特别行政区登记的船舶，经许可，可参与两岸间海上直接运输，在进出两岸直航港口期间，其船舶识别方式应符合《
海峡两岸海运协议》附件第一项的规定。
（三）本公告发布前经许可已经从事两岸试点直航运输、两岸三地集装箱班轮运输、砂石运输的两岸资本的方便旗船，航运公司应向交通运输部申请特别许可并换发《台湾海峡两岸间水路运输许可证》和《台湾海峡两岸间船舶营运证》后，方可从事两岸间海上直接运输。
（四）本公告发布前经许可已经取得两岸间不定期船舶运输经营资格的航运公司，符合直航条件的，应向交通运输部申请并换发《台湾海峡两岸间水路运输许可证》和《台湾海峡两岸间船舶营运证》后，方可从事两岸间海上直接运输；不符合直航条件的，经交通运输部特别许可，可临时从事两岸间海上运输，保持原有航行模式不变。
（五）未经特别许可，外国航运公司及外国籍船舶不得从事两岸间航运业务。经个案特别许可，临时经营两岸间单航次贸易货物运输的外国航运公司及外国籍船舶，保持原有航行模式不变。
（六）福建沿海地区与金门、马祖、澎湖间海上直航，仍依照《福建沿海地区与金门、马祖、澎湖间海上直接通航运输管理暂行规定》办理。
（七）经营两岸航运业务，不得有下列行为：以低于正常、合理水平提供运价服务，妨碍公平竞争；在会计账簿之外暗中给予托运人回扣，承揽货物；以歧视性价格或其他限制性条件给交易对方造成损害；其他损害交易对方或者损害航运市场秩序的行为。
