第三十七条 水专项的资金使用要严格按照有关审计规定进行专项审计，保障经费使用的规范、有效。
第三十八条 水专项经费管理办法根据财政部有关规定另行制定。
第六章 人才、知识产权和资产管理
第三十九条 水专项积极吸引海外高层次人才参与水专项科技攻关，鼓励中青年科技骨干承担水专项项目（课题），凝聚和培养一批高水平的研究开发人才队伍。
第四十条 水专项有关组织实施管理机构要加强知识产权管理，严格执行科技部《
关于加强国家科技计划知识产权管理工作的规定》。水专项课题形成的知识产权，其归属、使用和管理按照《关于国家科研计划项目研究成果知识产权管理的若干规定》执行。
第四十一条 水专项项目（课题）实施形成的研究成果，包括论文、专著、专利、软件、数据库等，均应标注“水体污染控制与治理科技重大专项资助”字样及项目（课题）编号，不做标注的成果，评估或验收时不予认可。
第四十二条 项目（课题）研究过程中形成的无形资产，属国有资产，由项目（课题）承担单位负责管理和使用。项目（课题）研究成果转化及无形资产使用产生的经济效益按《
中华人民共和国促进科技成果转化法》和国家有关规定执行。
第四十三条 用水专项经费购置或试制的固定资产属于国有资产，资产的管理按照国家有关规定执行。
第七章 保密、档案及其他
第四十四条 水专项组织实施过程中实行保密制度。水专项保密管理实行第一责任人制度，各相关单位和人员必须严格遵守《实施科技重大专项的保密规定》和《国家科技重大专项档案管理规定》的有关规定。
第四十五条 水专项建立科学、规范的档案管理制度，将水专项实施过程中产生的具有保存价值的电子文档、文字资料、声像资料、照片、图表、数据信息等档案进行及时收集、整理和归档。水专项档案管理的具体要求另行制定。
第四十六条 水专项建立规范、健全的科学数据和成果的共享机制。项目（课题）承担单位应按照水专项办有关科学数据共享和信息管理的规定，按时上报项目（课题）有关科研数据和成果。水专项办建立项目（课题）数据和成果库，实现信息公开、资源共享。
第四十七条 水专项办负责建立统一的信息管理平台，并与重大专项信息管理平台相衔接。信息内容主要包括水专项实施方案（公开版）、实施计划、项目（课题）立项、经费预算、监测评估、验收和成果等信息。相关单位或个人发布涉及水专项的重要信息，需要报水专项办批准。
