第二十三条 项目（课题）年度执行情况报告。项目（课题）承担单位按要求编制项目（课题）年度执行情况报告，省级协调领导小组、示范项目（课题）所在地方政府编制项目（课题）配套保障条件的落实和执行情况报告。牵头组织单位组织主题专家组、总体专家组形成水专项主题和专项年度执行情况报告，报水专项领导小组审定。
项目（课题）承担单位应及时报送项目（课题）研究进展和重大研究成果，总体专家组、主题专家组应及时凝练专项和各主题的重大成果并报送水专项办。
第二十四条 项目（课题）现场检查。水专项办组织对项目（课题）执行情况进行现场检查，对部分重点项目（课题）或者上一年度执行情况较差的项目（课题）进行重点检查。根据现场检查的情况，水专项办形成项目（课题）现场检查报告，经牵头组织单位审核后，报水专项领导小组。
第二十五条 项目（课题）实施效果监测。水专项办委托专业监测机构对示范区水质、示范工程和依托工程污染物削减等情况进行监测。监测结果作为项目（课题）中期评估和验收的重要依据。
第二十六条 建立水专项评估机制。水专项办组织力量或委托第三方评估机构，对水专项任务执行情况进行评估。实施周期在三年以上的项目（课题）应进行中期检查或评估。根据检查或评估结果，由水专项办或第三方评估机构形成评估报告，经牵头组织单位审核后，报水专项领导小组。
第二十七条 建立健全示范工程监理制度。水专项办会同省级协调领导小组委托专业监理机构对水专项项目（课题）示范工程进行全程监理。根据监理意见，水专项办提出相关建议，经牵头组织单位审核后，报水专项领导小组。
第二十八条 组织水专项阶段总结。水专项每个5年计划的最后一年组织进行阶段总结。水专项办组织总体专家组和主题专家组编制水专项阶段总结报告，经牵头组织单位审核后，报水专项领导小组批准。
第二十九条 加强水专项的验收工作。水专项验收分为课题验收、项目验收、主题验收和专项验收四个层次。
在牵头组织单位领导下，水专项办组织或委托省级协调领导小组和项目承担单位组织课题验收，组织对项目和主题验收，验收结果报水专项领导小组。水专项领导小组根据水专项主题、项目（课题）验收情况提出专项验收申请，科技部会同发展改革委和财政部负责组织验收。
第三十条 重点流域项目（课题）实行矩阵式管理。重点流域跨省协调领导小组负责流域层次跨省（自治区、直辖市）协调事宜，各有关省级协调领导小组负责本省（自治区、直辖市）内项目（课题）执行的协调，并落实相关配套保障条件；重点流域技术组负责本流域所有项目（课题）的技术协调，各主题专家组负责本主题下项目（课题）的技术协调。
