（二）突出重点、分类管理。水专项围绕国家水污染防治重点流域开展技术攻关和示范研究；针对不同类型项目（课题）实行分类管理，对重点流域的项目（课题）实行矩阵式管理。
（三）定期评估、注重实效。建立健全水专项监督评估与动态调整机制，对水专项组织实施过程中技术攻关进展、水质目标改善状况、技术应用效果等进行跟踪检查，确保取得实效。
（四）坚持公开、公正、公平。推行管理决策公开透明，鼓励公众参与，接受公众监督；引入第三方监督评估机制，开展监测、监督和监理。
第二章 组织机构与职责
第五条 水专项的组织实施由国务院统一领导，国家科技教育领导小组统筹协调和指导。科技部会同发展改革委、财政部做好专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和研究制定配套政策工作。
水专项领导小组由国务院批准成立，对水专项组织实施承担领导责任。水专项领导小组各成员单位充分发挥部门优势，配合做好水专项的组织实施工作。
水专项牵头组织单位环境保护部和住房城乡建设部（以下简称“牵头组织单位”），在水专项领导小组的领导下，负责水专项的具体组织实施，是保证水专项顺利组织实施并完成预期目标的责任主体。
水专项管理办公室（以下简称“水专项办”）在水专项领导小组和牵头组织单位的统一领导下，承担水专项领导小组办公室和水专项实施管理办公室的职能，负责水专项实施的日常工作。
水专项重点流域跨省协调领导小组、省级协调领导小组和示范项目（课题）所在地方政府负责组织协调和推动本辖区内相关项目（课题）的实施，负责配套保障条件的落实，参与项目（课题）的立项、监督检查、评估和验收等工作。
第六条 水专项领导小组的主要职责是：
（一）组织制订水专项实施方案；
（二）批准水专项办、重点流域跨省协调领导小组、水专项总体专家组和主题专家组；
（三）审定水专项管理办法；
（四）审定并报送水专项实施计划；
（五）组织水专项实施情况监测和评估过程，指导督促水专项的实施；
（六）核准水专项实施方案或实施计划相关内容的调整，涉及重大调整时，商科技部、发展改革委和财政部提出意见；
（七）协调解决水专项牵头组织单位环境保护部和住房城乡建设部之间以及实施过程中的重要问题；
（八）批复水专项项目（课题）立项；
（九）审定并上报水专项年度执行情况报告、总结报告、验收报告等。根据水专项任务完成情况，提出验收申请；
（十）负责对水专项保密工作进行指导等。
第七条 水专项牵头组织单位的主要职责是：
（一）会同水专项领导小组其他成员单位成立水专项办；
（二）组建水专项总体专家组和主题专家组；
（三）负责制订水专项管理办法和保密工作方案；
