取水单位和个人应按月向负责征收水资源费的水行政主管部门报送取水量（或发电量）。
负责征收水资源费的水行政主管部门按照核定的取水量（或发电量）和规定的征收标准，确定水资源费征收数额，并按月向取水单位和个人送达水资源费缴纳通知单。缴纳通知单应载明缴费标准、取水量（或发电量）、缴费数额、缴费时间和地点等事项。其中，流域管理机构审批取水的，取水量（或发电量）由取水口所在地省、自治区、直辖市水行政主管部门商流域管理机构核定。
取水单位和个人应当自收到缴纳通知单之日起7日内办理缴款手续。
第十三条 取水单位和个人申请缓缴水资源费，按照《条例》第三十四条的规定执行。
第十四条 县级以上地方水行政主管部门征收水资源费，应到指定的价格主管部门申领《收费许可证》，并使用省、自治区、直辖市财政部门统一印制的财政票据。
第三章 缴库
第十五条 除南水北调受水区外，县级以上地方水行政主管部门征收的水资源费，按照1：9的比例分别上缴中央和地方国库。
南水北调受水区的北京市、天津市、河北省、江苏省、山东省、河南省因筹集南水北调工程基金，其水资源费在中央与地方之间的划分，按照《国务院办公厅关于印发<
南水北调工程基金筹集和使用管理办法>的通知》（国办发[2004]86号）的规定执行。
省、自治区、直辖市以下各级之间水资源费的分配比例，由各省、自治区、直辖市财政部门确定。
第十六条 对跨省、自治区、直辖市水利水电工程，水资源费在相关省、自治区、直辖市之间的分配比例，由相关省、自治区、直辖市人民政府协商确定，并报财政部、水利部审核同意后执行。相关省、自治区、直辖市不能协商一致的，由流域管理机构综合考虑水利水电工程上下游、左右岸关系等情况，商相关省、自治区、直辖市人民政府提出分配比例的意见，报财政部、水利部审批确定。
对三峡电站水资源费的资金解缴和分配，由财政部会同水利部提出意见，报请国务院确定。
第十七条 水资源费实行就地缴库。
