三、内设机构
根据上述职责，国家宗教事务局设8个内设机构（副司局级）：
（一）办公室。
协助局领导协调机关各项工作，督促检查重要事项的落实；负责机关文电、会务、机要、档案和安全保密、信访工作；负责信息工作和对内对外宣传报道工作；负责机关财务、基建等工作，指导监督事业单位财务工作。
（二）政策法规司。
起草宗教事务工作的法律法规草案、部门规章并承担督促检查工作；研究综合性政策问题，拟订具体政策措施； 组织推动宗教政策、法律法规的宣传教育和贯彻实施。
（三）业务一司。
承办佛教、道教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导佛教、道教团体依法依章开展工作；联系佛教、道教界人士；指导地方政府宗教事务部门依法对佛教、道教事务进行管理。
（四）业务二司。
承办天主教、基督教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导天主教、基督教团体依法依章开展工作；联系天主教、基督教界人士；指导地方政府宗教事务部门依法对天主教、基督教事务进行管理。
（五）业务三司。
承办伊斯兰教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导伊斯兰教团体依法依章开展工作；联系伊斯兰教界人士；指导地方政府宗教事务部门依法对伊斯兰教事务进行管理；承担伊斯兰教朝觐事务等有关管理工作。
（六）业务四司。
承办其他宗教的宗教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；承办设立宗教院校相关事务和具体指导工作；配合有关部门做好防范和处理邪教工作。
（七）外事司（港澳台办公室）。
承担宗教外事管理和有关审核审批工作，指导地方和宗教团体对外以及对港澳台的宗教交往工作。
（八）人事司。
负责机关和直属单位的人事工作；承担宗教工作队伍和有关人员培训规划的拟订和组织工作；负责机关离退休干部工作。
机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
四、人员编制
国家宗教事务局机关行政编制为98名（含离退休干部工作人员编制3名）。其中：局长1名、副局长3名，正副司长职数25名（含机关党委专职副书记1名）。
