（三）政策法规司。
起草水利法律法规草案和部门规章并监督实施；研究拟订水利工作的政策；指导水利行政许可工作并监督检查；承办部行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。
（四）水资源司（全国节约用水办公室）。
组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作；指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。
（五）财务司。
编制中央水利部门预算；承担部机关并指导直属单位的财务管理工作；承担中央水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
（六）人事司。
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训工作；负责水利体制改革的有关工作。
（七）国际合作与科技司。
承办国际河流有关涉外事务；承办国际合作和外事工作；拟订水利行业技术标准、规程规范并监督实施；组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。
（八）建设与管理司。
指导水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导大江、大河、大湖及河口、海岸滩涂的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理，指导水利建设市场的监督管理。
（九）水土保持司。
承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（十）农村水利司。
组织协调全国农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；指导农村水利社会化服务体系建设。
（十一）安全监督司。
承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利工程质量和安全监督；承担重大涉水违法事件的查处，协调跨省、自治区、直辖市水事纠纷；指导水政监察和水行政执法工作。
（十二）国家防汛抗旱总指挥部办公室。
组织、协调、监督、指挥全国防汛抗旱工作。对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；编制
国家防汛抗旱应急预案并组织实施；负责全国水旱灾情发布，指导、监督重要江河防汛演练和抗洪抢险工作；组织协调指导台风与山洪等灾害防御工作以及蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，负责洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
