(七)稽查司。
拟订海关风险管理制度，组织风险分析和风险管理；开展海关稽查及海关贸易调查、市场调查；监督管理报关单位、报关员及报关从业资格；拟订规范企业进出口行为和企业海关注册管理、分类管理制度并组织实施。
(八)缉私局(全国打击走私综合治理办公室)。
拟订反走私社会综合治理政策措施并组织实施；查处走私和违规案件、侦办走私罪案件，开展缉私情报工作；组织开展打击走私国际(地区)间合作；承担世界海关组织情报联络工作。缉私局受海关总署和公安部双重领导，以海关总署领导为主。
(九)科技发展司 (国家电子口岸建设协调指导委员会办公室)。
拟订海关科技发展规划和信息化标准规范并组织实施；开展海关科技应用项目开发、推广和运行管理；承担海关网络及信息系统安全工作；组织拟订电子口岸规范、规划并协调实施。
(十)国际合作司(港澳台办公室)。
拟订海关国际合作制度并组织实施；组织开展与外国(地区)海关、国际组织及机构的交流与合作，协调相关协议的谈判、签订及实施；指导海关境外常驻机构的业务工作；承担涉及港澳台的海关交流与合作事务；承担有关外事工作。
(十一)财务司。
管理海关经费、基本建设、政府采购和罚没财物；管理海关征收的税费资金和罚没收入的收缴入库，承担海关的预决算管理工作。
(十二)关务保障司。
拟订海关装备发展规划并组织实施；拟订海关系统装备及资产管理制度；拟订海关车船装备、集装箱查验设备、制装等配备计划；管理海关国有资产；承担海关机电设备进口管理及海关安全保卫工作。
(十三)人事教育司。
拟订海关人事教育制度并组织实施；管理全国海关人事、机构编制、海关关衔、人才队伍等工作；指导海关所属院校管理工作。
(十四)督察内审司。
拟订海关系统执法监督和内部审计规定并组织实施；拟订海关系统领导干部任期经济责任审计和管理审计等制度并组织实施。
机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
离退休干部办公室 负责机关离退休干部工作，指导海关系统离退休干部工作。
四、人员编制
海关总署机关行政编制为541名(含两委人员编制2名、援派机动编制1名、离退休干部工作人员编制7名)。其中：署长1名、副署长4名，政治部主任(副部级)1名，司局级领导职数68名(含总工程师1名、机关党委专职副书记1名、离退休干部办公室领导职数1名)。
