主要生态问题：由于水、土和生物资源的不合理开发利用带来生态系统功能的严重退化，表现为退化草地面积大、沙漠化加快、珍稀特有野生动植物减少。
生态保护主要措施：加强流域综合规划，合理调配水资源；控制人工绿洲规模，恢复和扩大沙漠－绿洲过渡带；保障必要生态用水，保护和恢复自然生态系统；发展清洁能源，减少乔灌草的樵采；改善灌溉基础设施，发展节水农业，控制种植高耗水作物，提高水资源利用效益；加强油、气资源开发利用管理，实现油、气开发与荒漠生态保护的双赢。
4. 生物多样性保护重要区
（29）三江平原湿地生物多样性保护重要区：该区位于黑龙江省松花江下游及其与乌苏里江汇合处一带，行政区涉及黑龙江省12个县（市）， 面积为55 819 平方公里。该区是我国平原地区沼泽分布最大、最集中的地区之一，原始湿地面积大，湿地生态系统类型多样。湿地植被类型以沼泽苔草为主，其次为沼泽芦苇，生物多样性丰富。三江平原湿地是具有国际意义的湿地，已被列入《亚洲重要湿地名录》。
主要生态问题：不合理围垦和过度开发生物资源带来湿地生态系统功能下降问题突出，表现为湿地面积减小和破碎化、生物物种多样性受到威胁、生物物质生产功能减退、农业生产带来的面源污染日趋严重。
生态保护主要措施：加强现有湿地资源和生物多样性的保护，禁止疏干、围垦湿地，开展退耕还湿生态工程，严格限制耕地扩张；改变粗放的生产经营方式，发展生态农业，控制农药化肥使用量；严格限制泥炭开发。
（30）长白山地生物多样保护重要区：该区位于我国东北长白山脉地区，行政区涉及黑龙江省3个县（市）、吉林省11个县（市），面积为56 862 平方公里。该区地貌类型复杂，丘陵、山地、台地和谷地相间分布，主要植被类型有红松－落叶阔叶混交林、落叶阔叶林、针叶林和岳桦矮曲林等，属于“长白植物区系”的中心部分，野生动植物种类丰富，特有物种数量多，其中特有植物100多种，珍稀特有动物达150种，是生物多样性保护极重要区域。该区域还具有重要的水源涵养功能。
主要生态问题：天然林采伐程度高，生态系统功能有所减弱；森林破坏导致生境改变，威胁多种动植物物种生存；局部地区存在低温冷害和崩塌等地质灾害。
生态保护主要措施：加强天然林保护和自然保护区建设与监管力度；禁止森林砍伐，继续实施退耕还林工程；加强对已受到破坏的低效林和新迹地的森林生态系统恢复与重建；发展林果业、中草药、生态旅游及其相关产业。
（31）辽河三角洲湿地生物多样性保护重要区：该区位于辽宁省辽河下游三角洲地带，行政区涉及辽宁省6 个县（市），面积为5 476 平方公里。该区分布有我国最大的一片湿地芦苇，近海湿地鱼、虾、贝、蟹、蜇等资源丰富，停留或过境的鸟类有170多种，是丹顶鹤、黑嘴鸥等鸟类迁徙的重要停留栖息地，是湿地生物多样性保护极重要区域。
主要生态问题：石油资源开发导致海水倒灌、水体污染、湿地生态功能衰退；湿地保护与资源利用的矛盾突出，苇田部分被开发为水田，导致湿地面积减小、生态功能衰退。
生态保护主要措施：合理调度流域水资源，严格控制新上蓄水工程，保障河口生态需水量；规范农业、渔业开发；严格控制石油开发生产用地扩张及其环境污染；大力发展生态旅游和生态农业。
（32）黄河三角洲湿地生物多样保护重要区：该区地处黄河下游入海处三角洲地带，行政区涉及山东省垦利、利津、河口和东营4个县（区）， 面积为2 445 平方公里。区内湿地类型主要有灌丛疏林湿地、草甸湿地、沼泽湿地、河流湿地和滨海湿地5大类。湿地生物多样性较为丰富，是珍稀濒危鸟类的迁徙中转站和栖息地，是保护湿地生态系统生物多样性的重要区域。
主要生态问题：黄河中下游地区用水量增大，对下游三角洲湿地生态系统产生影响；海水倒灌引起淡水湿地的面积逐年减少，湿地质量不断下降；石油开发与湿地保护的矛盾突出。
生态保护主要措施：合理调配黄河流域水资源，保障黄河入海口的生态需水量；严格保护河口新生湿地；通过对雨水的有效调蓄，遏制海水倒灌，禁止在湿地内开垦或随意变更土地用途的行为，防止农业发展对湿地的蚕食，以及石油资源开发和生产对湿地的污染。
（33）苏北滩涂湿地生物多样性保护重要区：该区位于江苏省东部沿海滩涂地带，涉及8 个县（市），面积为3 499 平方公里。该区为近海岸滩涂湿地生态系统分布区，湿地生物多样性较为丰富，是我国候鸟重要越冬地，鸟类有360余种。
主要生态问题：滩涂湿地开发、滩涂养殖及工业发展，使野生动物活动范围减小，给珍稀野生动物的生存和繁殖带来威胁。
生态保护主要措施：协调好生态保护和经济建设之间的矛盾，控制滩涂开发规模；加强自然保护区管理，加快保护区总体规划的实施进程；适当开展生态旅游，发展生态农业。
（34）浙闽赣交界山地生物多样性保护重要区：该区位于浙江、福建和江西3 省交界处山地，行政区涉及浙江省10 个县（市）、江西省3个县（市）和福建省3个县（市），面积为24 850平方公里。该区是目前华东地区森林面积保存较大和生物多样性较丰富的区域，高等植物超过2400种，是我国生物多样性重点保护区域，同时也是重要的水源涵养区。区内山地陡坡面积大，加之降雨丰富，多台风、暴雨，土壤侵蚀敏感性程度极高。
主要生态问题：森林针叶林化问题突出，地带性常绿阔叶林植被分布面积小，森林生态系统破碎化程度高，物种多样性保护和水源涵养功能较弱；采石业与生态保育矛盾突出。
生态保护主要措施：加强自然保护区的建设；通过人工抚育，恢复和扩大常绿阔叶林面积；加强花岗岩等矿产资源开发监管力度以及土壤侵蚀综合治理；加强林产业经营区可持续的集约化丰产林建设，发展沼气，解决农村能源问题，开展生态旅游。
（35）武陵山山地生物多样性保护重要区：该区地跨湖北、湖南、贵州、重庆4省（直辖市），其范围涉及湖南省湘西、怀化、张家界、常德，湖北省恩施南部，贵州省铜仁，重庆市黔江等，面积为12 678平方公里。
该区是东亚亚热带植物区系分布核心区，有水杉、珙桐等多种国家珍稀濒危物种，是国家一级保护野生动物华南虎主要栖息地；同时又是长江支流清江和澧水的发源地，部分地区为乌江水系汇水区。该区不但是生物多样性重要保护区域；同时又是水源涵养和土壤保持重要功能区。该区山地坡度大，降雨丰富，土壤侵蚀敏感性程度高。
主要生态问题：森林植被资源不合理开发利用带来生态功能退化问题较为突出，主要表现为土壤侵蚀加重、地质灾害增多、生物多样性受到威胁。
生态保护主要措施：停止可能导致生态功能继续退化的人为破坏活动；扩大天然林保护范围，大力开展退耕还林、还草工程；恢复常绿阔叶林的乔、灌、草植被体系，优化森林生态系统结构，加强地质灾害的监督与预防；改变传统粗放的生产经营方式，发展中草药、生态旅游和有机农业。
（36）东南沿海红树林生物多样性保护重要区：该区主要分布于我国福建省、广东省、海南省、广西壮族自治区、台湾省等地高温、低盐、淤泥质的河口和内湾滩涂区。红树林是亚热带和热带近海潮间带的一类特殊常绿林，特殊动植物种类丰富，在世界红树林植物保护中具有重要的意义。
主要生态问题：红树林面积锐减，红树林生态系统结构简单化，多为残留次生林和灌木丛林，生态功能降低，一些珍贵树种已消失，防潮防浪、固岸护岸功能较弱。
生态保护主要措施：加大红树林的管护，恢复和扩大红树林生长范围；禁止砍伐红树林，在红树林分布区停止一切导致生态功能继续退化的人为破坏活动，包括在红树林区挖塘、围堤、采砂、取土以及狩猎、养殖、捕鱼等；禁止在红树林分布区倾倒废弃物或设置排污口。
（37）海南岛中部山地生物多样性保护重要区：该区位于海南省中部，行政区涉及海南省10个县（市），面积为8690平方公里。该区内植被类型主要有热带季雨林和山地常绿阔叶林。区内生物多样性极其丰富，其中特有植物多达630种，国家一、二类保护动物102种。该区不但是生物多样性保护极为重要的区域；还具有水源涵养和土壤保持重要功能。
主要生态问题：原始森林遭受破坏，生物多样性减少，水源涵养能力降低，局部地区土壤侵蚀加剧。
生态保护主要措施：加强自然保护区建设和监管力度，扩大保护区范围；停止一切导致生态功能退化的开发活动和人为破坏活动；实施退耕还林，防止土壤侵蚀，保护生物多样性和增强生态服务功能；加强工业污染治理和农业面源污染控制；发展以热带水果、反季节瓜菜种植、林下花卉种植为主的热带高效农业和农产品加工业，以及热带雨林观光为主的旅游业。
（38）岷山－邛崃山生物多样性保护重要区：该区位于四川省西北部的岷山和邛崃山脉分布区，是白龙江、涪江、嘉陵江、大渡河、岷江等多条河流的水源地，行政区涉及甘肃省4 个县（含陇南市）、四川省31个县（市），面积为89 485 平方公里。该区内有卧龙、王朗、九寨沟等10 多个国家级自然保护区。区内原始森林以及野生珍稀动植物资源十分丰富，是大熊猫、羚牛、金丝猴等重要珍稀生物的栖息地，是我国乃至世界生物多样性保护重要区域。该区具有水源涵养和土壤保持的重要功能。该区山高坡陡，雨水丰富，土壤侵蚀敏感性程度高。
主要生态问题：长期以来山地资源的不合理开发利用带来的生态问题较为突出，表现为土壤侵蚀严重、山地灾害频发和生物多样性受到威胁。
生态保护主要措施：加大天然林的保护和自然保护区建设与管护力度；禁止陡坡开垦和森林砍伐，继续实施退耕还林工程；恢复已受到破坏的低效林和迹地；发展林果业、中草药、生态旅游及其相关产业；停止导致生态功能退化的不合理的人类活动，发展沼气，解决农村能源。
（39）桂西南石灰岩地区生物多样性保护重要区：该区位于广西壮族自治区西南部左、右江流域，行政区涉及广西壮族自治区7个县（市）， 面积为8683平方公里。该区地带性植被有热带季雨林，主要分布于海拔700 米以下，向上是石灰岩常绿与落叶阔叶混交林，生物多样性比较丰富，高等植物种类达3000余种，其中80%为热带成分，是北热带岩溶生物多样性保护重要区域。由岩溶特殊地质环境和热带水热条件综合作用下的土壤侵蚀具有敏感性高的特点。
主要生态问题：自然资源不合理的开发利用导致该区土壤侵蚀严重；过度采挖野生植物，生物资源受到严重破坏，生物多样性降低。
生态保护主要措施：加大自然保护区建设和监管力度；严格执行天然林保护政策，禁止乱砍、乱挖，保护野生动植物资源；对生态退化区实施封山育林，恢复天然植被；调整产业结构，合理布局农业生产。
（40）西双版纳热带雨林季雨林生物多样性保护重要区：该区位于云南省最南端，行政区涉及云南省8个县（市），面积为25 404平方公里。在仅占全国0.2％的国土面积上，植物种类占全国的1/5，动物种类占全国的1/4，素有“动物王国”、“植物王国”和“物种基因库”的美称。
主要生态问题：由于长期森林资源的过量开发，使得原始森林面积大为减少，生境破碎化程度较高，野生动植物生存受到不同程度的威胁；打猎砍树、放火烧山垦殖的生产、生活方式对区域生态系统影响较大。
生态保护主要措施：扩大自然保护区范围，加强热带雨林和季雨林的保护；严禁砍伐森林和捕杀野生动物；改变传统粗放的生产经营方式，合理利用旅游资源，发展热带农业和生态旅游业。
（41）横断山生物多样性保护重要区：该区位于青藏高原东缘的西藏、云南、四川3省（自治区）交界的横断山脉分布区，行政区涉及四川省4 个县、西藏自治区5 个县和云南省17 个县（市），面积为93 172 平方公里。该区内珍稀野生动植物种类丰富，拥有大熊猫、牛羚、四川山鹧鸪、金雕、滇金丝猴、珙桐、桫椤等国家一级保护野生动植物，其中三江并流区为世界级的物种基因库，是我国乃至世界生物多样性重点保护区域。该区还具有重要的水源涵养和土壤保持生态功能。区内土壤侵蚀、冻融侵蚀和地质灾害敏感性程度极高。
主要生态问题：森林资源过度利用，原始森林面积锐减，次生低效林面积大，生物多样性受到不同程度的威胁，土壤侵蚀和地质灾害严重。
生态保护主要措施：加快自然保护区建设和管理力度；加强封山育林，恢复自然植被；防治外来物种入侵与蔓延；开展小流域生态综合整治，防止地质灾害；提高水源涵养林等生态公益林的比例；调整农业结构，发展生态农业，实施退耕还林还草，适度发展牧业；对人口已超出生态承载力的区域实施生态移民。
（42）伊犁－天山山地西段生物多样性保护重要区：该区位于新疆维吾尔自治区西部，是由南天山和北天山夹峙形成的东窄西宽、东高西低的楔形谷地，行政区涉及新疆维吾尔自治区5个县（市），面积为20 647平方公里。该区生物多样性资源丰富，主要有黑蜂、四爪陆龟、小叶白蜡、野核桃、雪岭云杉等野生动植物物种和山地草甸类草地生态系统，是我国内陆干旱地区生物多样性保护的重要区域。该区还具有重要的水源涵养功能。
主要生态问题：草地超载和林木过度砍伐带来的生态系统功能退化问题突出，表现为草场沙化、湖泊与湿地萎缩、土壤侵蚀加重及农田土壤盐渍化等。
生态保护主要措施：划定禁伐区、限伐区，封育保护云杉林和野果林；草原减牧，以草定畜，严禁毁草开荒、种树；调整种植业结构，扩大草料种植面积，低产田撂荒地应退耕还草；加强土壤保持及河谷林保护。
（43）北羌塘高寒荒漠草原生物多样性保护重要区：该区地处青藏高原北部的羌塘高原，行政区涉及青海省的治多西部、格尔木西部，西藏自治区的班戈中部、尼玛中部、申扎中北部，面积为204 014 平方公里。区内野生动物资源独特而丰富，主要有藏羚羊、黑颈鹤等重点保护动物和高寒荒漠草原珍稀特有物种，生物多样性保护极其重要。由于该区海拔高，气候寒冷、干燥、多大风，土地沙漠化和冻融侵蚀敏感性程度高，具有生态破坏容易、恢复难的特点。
主要生态问题：过度放牧和受全球气候变暖影响，出现的生态退化问题日趋凸显，表现为土地沙化面积在扩大、草地生物量和生产力下降、病虫害和融冻滑塌及气候与气象灾害增多、高寒特有生物多样性面临严重威胁。
