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（三）发展计划司
组织拟订科技发展规划和年度计划，提出科技计划经费配置建议，协调规划和计划的实施；会同有关方面提出国家科技基础条件平台、重大创新基地建设规划建议；推动区域科技发展；拟订科技保密管理办法；承担相关科技评估管理和科技统计管理工作。
（四）重大专项办公室
会同有关方面拟订科技重大专项实施办法，审核实施计划，提出综合平衡、方案调整和相关配套政策建议，跟踪和监督实施，协调解决重大问题，组织评估和验收；负责相关综合信息管理。
（五）科研条件与财务司
提出科研条件保障的规划和政策建议；会同有关方面提出科技资源合理配置的重大政策和措施建议；编制本部门预算中的科技经费预决算，并监督预算的执行；参与拟订重大科技投入政策和科技经费管理办法；负责本部门基本建设和国有资产管理工作。
（六）基础研究司
拟订国家基础研究规划和政策；组织实施国家重点基础研究发展计划和重大科学研究计划；参与编制国家重大科学工程建设规划；组织实施国家实验室、国家重点实验室、国家野外科学观测研究基地建设；组织推动科研基础性工作。
（七）高新技术发展及产业化司
拟订相关领域高新技术发展及产业化的规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划；指导国家级高新技术产业开发区建设；推动高新技术产业化相关技术服务体系建设；拟订促进技术市场发展政策。
（八）农村科技司
拟订科技促进农村发展的规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划；推动农村科技进步；指导相关重大科技成果应用示范；指导农业科技园区的有关工作。
（九）社会发展科技司
拟订社会发展领域科技发展规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划、科技支撑计划和政策引导类科技计划；会同有关方面拟订人类遗传资源管理办法；促进生物技术发展及产业化工作；协调科技应对气候变化工作。
（十）国际合作司（港澳台办公室）
组织拟订对外科技合作与交流的政策；承办政府间双边和多边及国际组织间科技合作与交流事宜；指导相关部门和地方对外科技合作与交流工作；组织实施国际科技合作计划；承担科技援外与科技援华相关工作；指导驻外科技机构工作；承办涉港澳台科技合作与交流事宜。
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