第十三条 受托方应遵循以下要求和程序开展工作：
（一）及时登记协查系统的协查函。
（二）稽查局负责人对接收后待检查和检查后待回复的信息进行审批。
（三）依据委托方《协查要求》开展检查工作。
（四）依据检查情况，按照《增值税抵扣凭证协查结果代码定义》逐项选择协查结果代码，填写《增值税抵扣凭证调查结果清单》（以下简称《结果清单》），撰写《增值税抵扣凭证案件协查报告》（以下简称《协查报告》）。
（五）查实被查对象存在税收违法行为并作出相应税务处理或税务行政处罚，依据《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和入库凭证，在协查系统内依据纳税人和协查函号录入所检查发票对应的查处结果和入库结果。
（六）依据《涉税案件移送书》在协查系统内录入被查对象移送司法机关情况。
（七）依据《协查案卷》的要求组卷。
（八）在协查系统内回复协查结果信息，并依据委托方《协查要求》在1个工作日内按照案件保密的有关要求寄送纸质证明资料。
第十四条 受托方在检查工作中，需要取得涉案对象的税务登记、注销、纳税申报、出口退税等征管资料和证明材料的，应向其主管税务机关提出要求。主管税务机关应在5个工作日内提供相关资料并出具相应的证明材料。
第十五条 受托方应按期回函。除有特殊要求外，应在收到协查函后30日内回函。
国家税务总局稽查局组织查办或督办的案件，或有特殊要求的其他重大案件协查，回函期限与上述要求不一致的，以《协查要求》为准。
第十六条 国家税务总局稽查局组织查办或督办的案件，或有特殊要求的其他重大案件协查，受托方如遇特殊情况不能按时完成协查任务的，应在到期5日前，在协查系统内填写《协查延期申请》，逐级上报至国家税务总局稽查局。经国家税务总局稽查局审批同意后，在核准的期限内完成协查工作并回复协查函。
第四章 监控管理
第十七条 协查信息由协查系统自动传输。协查系统不能实现自动分捡的，应在收到协查函3个工作日内按照受托方纳税人识别号、纳税人名称、地址等依次进行人工分捡。
第十八条 稽查局应监控本单位受托协查的进展情况，市以上稽查局应监控下级的委托、受托协查工作情况，全面掌握本地区协查工作的动态，及时提醒和督办。
第十九条 受托协查累计按期回复率应达到100%，通过协查系统考核。经国家税务总局稽查局同意延期的，按延长后的期限进行考核。
受托协查累计按期回复率＝累计按期回复发票份数/（累计按期回复发票份数＋逾期发票份数）×100％。
第二十条 将委托协查信息完整率、受托协查信息完整率、选票准确率作为监控指标，通过协查系统考核。
委托协查信息完整率＝必填考核项目/当期发起委托协查发票数量×全部考核项目×100％。
受托协查信息完整率＝必填考核项目/当期回复受托协查发票数量×全部考核项目×100％。
必填考核项目在协查系统中自动设置。
选票准确率＝协查结果有问题发票份数/收到协查结果发票份数×100％。
第五章 系统管理
第二十一条 协查系统的使用权在稽查局。各省稽查局负责确定和批准修改本地区下级稽查局人员的使用权设置，报税务总局稽查局备案。
稽查局需变更协查授权的，应逐级上报《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》。市以下稽查局协查系统的用户授权变更由省稽查局审批，报税务总局稽查局备案。省稽查局审批同意后交同级信息中心处理。
省稽查局协查系统的用户授权变更由税务总局稽查局审批，税务总局稽查局审批同意后交税务总局呼叫中心处理。
《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》内容包括：用户授权变更的原因，新旧用户授权名称、代码、联系人和联系电话、用户授权变更的日期。
报税务总局稽查局备案的资料包括市以下稽查局的《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》和省稽查局的批复意见。
第二十二条 稽查局确实需要修改数据的，应填写《协查信息管理系统运行重大情况报告单》，逐级上报至税务总局稽查局审批。税务总局稽查局审批同意后交税务总局呼叫中心处理。
第二十三条 稽查局发现协查系统不能正常工作，应在发现当日填写《协查信息管理系统运行重大情况报告单》，交同级信息中心处理。信息中心和稽查局共同核查后，无法解决的问题，应逐级上报至省信息中心和稽查局。问题在2日内没有解决的，省信息中心应上报税务总局呼叫中心，省稽查局应将《协查信息管理系统运行重大情况报告单》上报税务总局稽查局。税务总局呼叫中心统一组织对各省上报问题的处理。
第二十四条 稽查局应及时对本单位的通讯录信息进行更新。
第六章 资料管理
第二十五条 立案检查的协查资料同稽查案件一并归档。没有立案检查的协查资料，按照协查编号或纳税人名称进行归档。
第二十六条 委托方归档资料包括《增值税抵扣凭证协查函》、增值税抵扣凭证复印件、《协查要求》、《已证实虚开通知单》、《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》及税款入库凭证、受托方寄送的《协查案卷》等。
第二十七条 受托方归档资料包括委托方寄送的《协查要求》及《已证实虚开通知单》、《协查案卷》、《协查延期申请》等。
第二十八条 其他应归档的资料包括《协查信息管理系统运行重大情况报告单》、《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》等。
