《
水污染防治法》规定，县级以上人民政府可以对重要渔业水体划定保护区，并采取措施保护水质环境。在重要渔业水体的保护区内，不得新建排污口。新建、改建、扩建直接或者间接向水体排放污染物的建设项目和其他水上设施，应当依法进行环境影响评价。涉及渔业水域的，环境保护主管部门在审批环境影响评价文件时，应当征求渔业主管部门的意见。
各级渔业行政主管部门要按照《
水污染防治法》和《中国水生生物资源养护行动纲要》的要求，进一步加强渔业水域环境保护管理工作。要积极加强与环境保护等相关部门的沟通协调，完善工程建设项目环境影响评价制度，参与并配合开展对有关工程建设项目环境影响评价文件的审核。对影响较大的工程建设项目，要在组织专家进行科学论证的基础上，提出意见及相关的补偿和修复措施，并督促落实。要组织开展对在渔业水域新建、改建、扩建和已建排污口项目的监督检查，督促落实相关环境影响评价要求，确保重要渔业水体的保护区不受污染。要积极开展水生生物产卵场、索饵场、越冬场和洄游通道等重要渔业水体基本情况的调查监测，科学划定水产种质资源保护区等重要渔业水体，并及时向社会公布，具备条件的地方应报请同级人民政府批准发布。要进一步加强渔业生态环境监测体系建设，加大对排污口、水上工程建设项目和重要渔业水体等重点区域的监测力度，有效监视监控重要渔业水域环境状况。
三、逐步加强规范，推动渔业船舶水污染防治工作
《
水污染防治法》将船舶污染作为水污染防治的一个重要方面单独作了规定，并根据有关部门职责分工，明确规定由渔业部门负责渔业船舶的水污染防治工作。
各级渔业行政主管部门要按照《
水污染防治法》要求，结合渔业船舶造检航管理工作，健全相关管理制度、规范标准，做好渔业船舶水污染防治工作。要指导和督促渔业船舶所有人，严格按照渔业船舶法定检验规则要求，配备相应的滤油设备、油污水舱或柜和垃圾贮集器，严禁将油污水和垃圾直接排放到水中。要组织所属的渔政渔港监督、渔业船舶检验机构，加大监督检查力度，重点加强渔港水域环境保护，对渔港油污水接收处理单位实行监督管理；对在渔港水域内从事渔业船舶水上拆解活动的，按照《
行政许可法》要求，实施行政许可和监督检查。对渔业船舶造成水污染事故的，要依法积极开展调查处理和实施行政处罚；其他船舶造成水污染事故给渔业造成损害的，要积极参与和配合海事管理机构进行调查处理。
