（十）飞行标准司
制订飞行标准管理的规章制度，组织对飞行人员飞行技术的检查，管理飞行人员执照，审查飞行技术文件，负责航空器运行管理工作，对飞行训练单位进行许可审定，制定训练程序和标准，检查训练质量，管理航空卫生工作，颁发航空人员体检合格证。
（十一）航空器适航司
拟定民用航空器适航管理标准和规章制度并监督实施，负责审核颁发或吊销民用航空器（含发动机、螺旋桨）型号合格证、生产许可证、适航证和国籍登记证的工作，负责民用航空器登记注册工作，办理民用航空器的出口适航证，负责审核颁发或吊销民用航空器维修单位许可证和维修人员执照工作，负责民用航空器运行适航和安全状态的监督，颁发适航指令并监督执行。
（十二）基本建设机场管理司
拟定民用机场建设工程和飞行区适用管理的规章制度、技术标准、规范并监督实施，审核基本建设项目初步设计、开工报告并组织工程监理和竣工验收工作，审批民用机场总体规划及总平面规划，负责颁发或吊销民用机场使用许可证工作，办理民用机构的移交、接收或报废的审核工作，指导管理机场应急救援工作，归口管理机场净空、环境保护和机场土地使用工作，制订民航设备管理规定。
（十三）公安局（公安部十五局）
拟定民航安全保卫的规章制度，指导监督安全保卫、机场治安交通管理和消防工作，检查监督防劫机、防破环预案的落实，指导和参与处理非法干扰民航安全的重大事件及重大灾害事故，检查指导专机警卫工作，负责空勤人员登机证、航空安全员执照等证件管理工作，负责总局机关的安全保卫工作。
（十四）政治部
（十五）机关党委
负责总局机关和在京直属单位的党群工作。
四、人员编制和领导职数
民航总局机关行政编制为450名。其中，局长1名，副局长4名，现已超配的1名副局长作为过渡，待退下来或调离后不再增补；司局级领导职数55名（含总飞行师、总工程师和党的工作机构的司局级领导职数）。
监察、审计等派驻机构和后勤、老干部服务机构及编制，按有关规定另行核定。保留党的纪律检查委员会，与监察机构合署办公。
为加强空中交通管理工作，撤销原民航局航行司和航务管理中心，组建事业单位性质的中国民用航空总局空中交通管理局，直属民航总局并授予其一定的行政管理职能，主要是协同有关部门进行空域规划，负责空中交通管理工作。其机构编制按规定另行报批。
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