制订民航安全政策、法规、制度，综合管理监督全行业的空中、地面安全工作，制订飞行事故和事故征候标准，进行飞行事故调查，组织、指导飞行安全研究工作，组织、指导、协调民航安全工作，承担民航总局安全委员会办事机构的日常工作。
　　（三）体改法规司
　　制订民航行业体制改革规划和总体改革方案并组织实施，指导协调直属单位的体制改革工作，拟定民航法律、法规、规章草案，组织开展法制宣传教育，实行行业执法监督，处理行政复议和行政诉讼案件。
　　（四）计划司
　　拟定民航行业发展战略，编制行业发展规划和计划，拟定民用航空运输航线网络、机场配置和机队规划，编制固定资产投资计划，办理基本建设、技术改造和利用外资项目立项、可行性研究报告的审核审批工作，负责购买和租赁民用飞机及进口机电设备的审核工作，承担行业综合统计和信息工作，管理行业交通战备工作。
　　（五）财务司
　　制订民航行业财务会计工作制度并监督实施，审查汇编直属企事业单位年度财务预、决算，参与制订行业经济调节办法，参与制订航空运价和各项收费标准并监督实施，综合管理基础设施建设基金和各项专项基金，监督、管理民航国有资产，会同有关部门制订航空保险规定。
　　（六）人事劳动司
　　指导推动民航行业的人事、劳动工资和社会保险制度改革，负责直属单位人事、劳动工资、机构编制管理工作，按照干部管理权限管理直属单位领导干部，组织实施国家公务员制度，指导直属单位科技干部管理工作，组织制订行业劳动管理标准，管理直属单位的社会保险工作。
　　（七）科技教育司
　　编制民航行业科技、教育发展规划和年度计划并组织实施，组织行业重大科研项目的攻关、成果鉴定和推广应用，推进行业计算机应用工作，管理民航标准化和计量工作，指导直属科研机构、院校和培训中心的工作，指导行业职工教育工作。
　　（八）国际合作司
　　拟定发展国际和地区民航关系的方针政策，组织参加国际民航组织和其他有关国际组织的活动，办理有关国际民航公约、条约及协议的具体事务，办理民航企业与外国航空企业签订有关协议的审批工作并监督实施，指导驻国际民航组织理事会办事处活动，办理涉港澳台地区的民航事务和援外、外援及智力引进工作，办理民航人员出国审批工作，承担总局对外新闻发布工作。
　　（九）运输管理司
　　拟定国内、国际运输航空、通用航空发展的方针政策、规章制度及服务质量标准，对运输航空、通用航空作业进行管理并监督其服务质量，受理旅客、货主、用户投诉，审核国际、国内航线和国内外航空公司加班、包机的申请，协调航班计划，组织协调重大、紧急运输和通用航空作业任务，承办民航企业的审批管理工作，颁分和吊销其经营许可证，指导企业管理，监督维护航空市场秩序。

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