如果老企业有两个或两个以上的新企业可以享受税收优惠政策，则各可以享受政策的新企业退税基数按照下面的公式计算：
可以享受税收政策的全部新企业税收基数＝老企止税收基数*可以享受税收政策的全部新企业2001年销售收入／（可以享受税收优惠政策的全部新企业2001年销售收入＋老企业2001年销售收入）某新企业税收基数＝可以享受政策的全部新企业税收基数*老企业对该新企业的投资额／老企业对可以享受政策的全部新企业的投资额
四、由于原享受退税政策的主体是三线调整企业，为兼顾新老企业的利益，新企业应返还的税额，60％返还给老企业，40%返还给新企业。
五、对全部股东均为老企业设立的新企业，将新企业买纳增值税额并入控股老企业计算应退税款；所退税款按照投资方的股份比例在股东之间进行分配。
六、非三线企业被三线企业兼并的，如果丧失独立法人地位，不单独纳税，完全变成三线企业的一部分，可以由三线企业按照有关规定继续享受税收优惠政策。为保证地方利益，三线企业的税收基数应包括被兼并企业被兼并当年的税收实际入库数（可根据兼并当年税收实际入库数的月平均数测算全年入库数）。非三线企业被三线企业兼并后仍保持独立法人地位并单独纳税的，不能享受三线企业的政策。
三线企业被非三线企业兼并，如果仍保持独立法人地位并单独纳税，可以继续享受三线企业的税收优惠政策，但兼并企业不能享受。
三线企业被三线企业兼并，如果仍保持独立法人地位并单独纳税，可以继续享受三线企业的税收政策，如果丧失独立法人地位并不再单独纳税，应将被兼并企业基数划归兼并企业。
七、老企业独资或所占股份比例在90％（含）以上的新企业，可以享受三线企业的税收政策，其实纳增值税额并入老企业一并计算应退税额，税额全部返还给老企业。
八、国有独资三线企业改制为多元股东结构的有限责任公司或股份有限公司后，如三线老企业国有法人股所占股份比例在85％（含）以上，则改制后的公司执行原老企业税收政策。
九、老企业债转股后，与四家国有资产管理公司成立的有限责任公司可以享受三线企业的税收政策，其实纳增值税额并入老企业一并计算应退税款。
