二、经济管理和科技管理各成体系的局面还没有打破，在制定政策、资金渠道、组织管理、消化吸收、产品开发、技术市场、人才引进等工作上各抓各的，往往造成力量分散，工作重复，甚至互相抵消和牵制。经济体制和科技体制改革工作也缺乏协调，经济部门和科技部门在考虑改革时多从本部门出发。这种情况直接影响到基层单位。例如，已经多处出现同一行业互当紧邻的企业和研究所，在各自主管部门的支持下，企业新建技术开发中心，研究所新建中试生产基地的现象。
三、方针政策不配套，没有形成一个技术经济协调统一的政策体系。现行的某些政策，有些是多年前制定的，已经不适应新的情况。新制定了一些单行政策，也由于协调不够，往往互相矛盾、相互抵消，甚至阻碍科研、设计和生产联合。例如，技术转让收入，独立的研究所可免税，企业及所属研究所则有３０万元以上纳税的界限。基建投资，独立研究所由拨款改贷款，可以不还；厂属所投资是贷款，非还不可等等。
四、企业缺乏技术进步的压力和活力，研究所对进入企业也有顾虑。目前，由于我国商品市场体系不健全，合理的竞争格局没有形成，企业依靠技术进步的压力不大。特别是大中型企业缺乏依靠技术进步所需的经济实力。如山东省２０００多个预算内国营工业企业，１９８５年的留利中用于支付各级政府规定的项目占３８．９％，各级主管部门提留占１２％，各种社会摊派占１２％，企业能够用作发展基金的只剩６．３％，平均每个企业不到２．５万元。其他地区的情况也大致相仿。造成大中型企业缺乏活力，对研究所缺乏吸引力。同时，企业也担心“背”不起研究所这个“包袱”。
独立研究所的事业费在逐年减拨，仪器装备多数不如大中企业，引进技术又很少让他们参加，导致与企业技术倒挂，不少所已经看到与企业，特别是大中企业联合是一条出路，但又有不少顾虑，主要是“四怕”：怕主管部门断其供应渠道；怕降低级别，降低政治、生活待遇；怕失去独立所的税收优惠待遇；怕进入企业受到限制发挥不了作用，科技人员怕进入企业得不到重视。
要解决这些问题，最根本的是发展商品生产，形成竞争的格局和买方市场。同时政府部门必须转变职能，在组织结构和管理体制上有一个大的转变。但这是一个较长的过程。从当前的实际出发，我们考虑可以先从以下几个方面入手。
