从教育整顿入手，着力解决队伍中存在的突出问题。开展了集中教育整顿、执法作风大检查和反特权思想、反霸道作风等专项治理活动。对地、县两级检察院及反贪局的领导班子进行全面考察和调整充实，清理不适合从事检察工作的人员，清理撤销经营性公司，制定廉洁从检十项纪律，严肃查处违法违纪的检察人员。实行领导干部“一岗双责”，落实党风廉政建设责任制，262名领导干部因对干警违法违纪问题负有领导责任受到追究。经过努力，干警违法违纪逐年减少，从1998年的7‰下降到2002年的1．4‰，违法办案、以案谋私、作风粗暴等问题得到初步遏制。
加强思想政治建设和职业道德建设。以整风精神开展“三讲”教育，各级检察院领导班子的凝聚力、战斗力进一步增强。深入进行邓小平理论和“三个代表”重要思想学习活动，广泛开展理想信念、公正执法、艰苦奋斗教育，坚持把思想政治工作落实到办案第一线，增强了检察干警为民执法的观念和拒腐防变的能力。大力弘扬忠诚、公正、清廉、严明的检察职业道德，涌现出以方工、付玲玲为代表的一批秉公执法、无私奉献的优秀检察官，有4302个集体和5114名个人受到省级以上领导机关表彰。
实施“素质工程”。加强教育培训和岗位练兵，举办各类培训班3356期，对检察人员进行了普遍轮训，举行了首次全国检察人员基本素质考试。根据修改后
检察官法有关任职条件的规定，组织31500多名检察官参加了续职资格培训和法律本科学历教育。启动高层次人才培养计划，建立检察人才库，培养了一批专家型、复合型人才。认真落实国家统一司法考试制度，严格依法任用检察官，择优录用了一批法律本科以上毕业生充实基层和业务部门。最高人民检察院连续两年组织巡讲团赴西部地区巡回授课，在经费、师资和培训基地建设等方面加大了对西部地区检察教育的支持力度。
大力加强基层检察院建设。最高人民检察院先后制定《关于加强基层检察院建设的意见》和《
人民检察院基层建设纲要》，组织创建以“好班子、好队伍、好机制、好业绩、好形象”为内容的“五好”检察院活动。上级检察院加强分类指导，狠抓督促落实，对一批后进基层检察院实行挂牌攻坚，落实领导责任制，派工作组蹲点指导，针对薄弱环节对口帮扶，对软弱涣散的领导班子进行调整。基层检察院坚持开门创“五好”，从群众满意的地方做起，从群众不满意的地方改起，对照“五好”标准全面加强自身建设，执法水平有了新的提高，整体面貌发生了积极变化。
五年来，军事检察工作、铁路运输检察工作取得新的成绩。检察国际交流与司法协助进一步加强。最高人民检察院同55个国家的有关司法机关签订了合作协议，完善了同港澳地区有关部门的个案协查工作机制；主办了亚欧国家总检察长会议、上海合作组织成员国总检察长会议，促进了打击恐怖犯罪、跨国有组织犯罪的国际司法合作。制定司法解释132件；适应加入世贸组织的新形势，制定了检察工作应对加入世贸组织的指导意见，对新中国成立以来颁布的司法解释和规范性文件进行了全面清理。
