司法实务中应当注意的是，对于“申请没收的财产与犯罪行为之间实质联系”的证明，除了需要证明申请没收的财产是犯罪所得或犯罪工具外，还需要证明涉案财产具体是哪一个或哪几个犯罪行为的犯罪所得或犯罪工具，而不能笼统地称“该财产系X X犯罪所得”。为此，检察官必须在申请没收的财产与具体的犯罪行为之间建立起对应关系。举例而言，犯罪嫌疑人某甲多次贪污公款达数百万之巨，案发落网后自行交代，前后三次贪污情况，第一次贪污所得用于购买别墅，第二次和第三次贪污所得购买了多辆豪车赠送情妇。该案审判期间，某甲自杀身亡，刑事诉讼遂告终止。检察官另行启动独立没收程序对其犯罪所得予以追缴。对此，检察机关在举证时，不仅应当证明上述房产和豪车均系某甲犯罪所得，而且应当证明房产是第一次贪污所得转化而来，豪车系后两次犯罪所得转化而来。当然，实践中，有些连续犯可能犯罪次数较多且持续时间较长，检方难以精确查明具体每次犯罪行为及其所得，但对于这类犯罪，检察机关仍必须查明一个相对确定的时间段内犯罪所得的总额，并将其与同一时间段内的犯罪行为相对应。
三、独立没收程序的举证责任问题
（一）独立没收程序的举证责任原则上由检察机关承担
既然独立没收程序在性质上类属于民事诉讼程序，那么该程序自然就应当适用民事诉讼程序的证据规则，包括在举证责任的分配上，就应当按照“谁主张、谁举证”的原则进行分配。根据修正后的《刑事诉讼法》第280条第1款和第3款的规定，首先应当由提出没收违法所得申请的人民检察院，就涉案财物与犯罪行为之间存在实质联系承担举证责任，且应证明至“优势证据”的程度；若人民检察院无法完成上述举证责任，就应当承担诉讼上的不利后果。对此，修正后的《刑事诉讼法》第282条明确规定了举证不力的后果：对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。
同时，独立没收程序毕竟是民事诉讼程序，因此，根据“谁主张、谁举证”的举证责任分配原则，利害关系人在对没收申请提出抗辩，主张对涉案财物拥有合法权利的情形下也应当承担举证责任，且应当证明至“优势证据”的程度。若利害关系人无法尽到举证责任，也将承担诉讼上的不利后果。
（二）检察机关在特殊类型案件独立没收程序中面临举证困难
上述情形只是常规案件下，独立没收程序分配举证责任的基本原则和方法，理论上值得探讨的一个问题是：在特定情况下，独立没收程序可否实行举证责任倒置？即，在检察机关无法证明涉案财物与犯罪行为之间存在实质联系的情况下，能否直接推定该财物系犯罪所得，从而将证明涉案财物系合法所得的举证责任倒置由利害关系人一方承担？在该推定下，若利害关系人无法举出“优势证据”证明该财物确系合法取得，那么，将对该财物予以没收。
之所以在理论上提出该命题，是因为在司法实务中检察机关在打击毒品、涉黑等犯罪时经常会面临“举证不力”的难题：一方面，犯罪总是有黑数的，不是犯罪分子的每一次犯罪行为都会被查获，尤其是毒品犯罪、恐怖主义犯罪、涉黑犯罪等隐蔽性极高的案件，组织性强，一次性侦破全案的难度较大。因此，侦查机关在查获部分犯罪后，虽然同时起获了大量财物，怀疑系犯罪所得，但由于此时全案尚未侦破，侦查机关要通过所查获的这一次或几次犯罪，来证明所起获的全部财产均系犯罪所得，几乎是一个不可能的任务。另一方面，在上述犯罪中，犯罪分子的财物往往与其组织或家人的财物相混同，甚至有些犯罪分子刻意通过这种财产混同来转移犯罪所得。虽然在法解释上，可以将没收的对象扩及混合财产，但司法机关要对犯罪分子违法所得的财物与其组织或家人所有的财物明确加以区分，并单独证明某部分财物系违法所得，在证据上确有困难，可谓“定罪易，析产难”。
正是基于同样的原因，我国《刑法》才针对贪渎犯罪设立了巨额财产来源不明罪，将被告人明显超出合法收入的巨额财产系合法所得的证明责任转由被告人承担。但是，类似的推定机制，在毒品犯罪、恐怖主义犯罪和涉黑犯罪等严重刑事犯罪领域却不能适用，这就导致实践中问题丛生。例如，在毒品案件中，侦查机关常常会在查获犯罪分子的同时起获大量现金，如果最后认定的犯罪事实是犯罪分子仅贩卖过海洛因数克，就算因此而量处犯罪人重刑，由于证据所限，通常也无法认定在现场查扣的巨额款项全部都是犯罪嫌疑人之前的犯罪所得。而这些被查扣的现金，常常不但是藏匿的方式奇特（例如放在花盆中、洗衣机中），而且依照犯罪人日常从事的工作（通常都是无业）、生活状态（通常其本人就吸毒成瘾）等，无疑都会使人怀疑这些高达数万甚至数十万的现金实际上均为犯罪人的犯罪所得。但由于犯罪嫌疑人之前的犯罪行为并未被查获，因此，侦查机关无从查明这些可疑财产与犯罪行为之间的一一对应关系，也就无法证明这些财产与犯罪行为之间的实质联系，进而无法予以没收。结果，即便犯罪人被判刑，但这些巨额现金仍然必须发还犯罪人，犯罪人在出狱后仍能继续享用其犯罪所得。这种现象的存在对于严厉打击毒品犯罪、恐怖主义犯罪、涉黑犯罪等严重刑事犯罪，发挥刑法的威慑功能非常不利。
在《刑事诉讼法修正案》增设独立没收程序后，检察机关的上述举证难题可能更趋明显，因为，独立没收程序属于缺席审判程序，作为当事人也是重要知情人的犯罪嫌疑人、被告人已经死亡或者逃匿，缺失了可供查证可疑财产来源的关键证据，检察机关几乎不可能查清可疑财产与犯罪行为之间究竟是否存在实质联系，也就无法启动独立没收程序。这种尴尬情况的存在，可能极大地阻碍独立没收程序在司法实践中的适用，并与立法上增设该程序是为“严厉打击腐败犯罪、恐怖主义犯罪”的目的相悖。因此，在证据制度上必须寻找有效对策，以防止这种情况的反复出现，折损独立没收程序在实践中的价值。
