就物质性损失的认定，主要在认定“损失”的时间上有争议、难认定。最高人民检察院《立案标准》规定：“直接经济损失和间接经济损失，是指立案时确已造成的经济损失。”笔者认为，这是对“损失”状态的结果判断，但司法实践中仍然很难判断“损失”这一结果是从什么时间起始，延续至立案时而存在的，进而带来能否立案的困难。最高人民法院《03年纪要》第6条第2项“玩忽职守行为造成的重大损失当时没有发生，而是玩忽职守行为之后一定时间发生的，应从危害结果发生之日起计算玩忽职守的追诉期限。”实践中，办案人员往往只重视立案时是否有损失的发生，却忽视损失发生的时间。这关系到追诉时效。比如，行为人滥用职权、玩忽职守造成大量债务，而债务人潜逃，去向不明。如果以“债务人潜逃去向不明”为判断造成“损失”的标准（《立案标准》规定的认定“损失”标准之一），那么，检察机关在确定是否立案时，不仅要确定债务人确实“已经潜逃，去向不明”，而且还要确定什么时间潜逃而去向不明。刑事诉讼法规定，超过追诉时效免予刑事追究。对于渎职罪而言，危害结果发生之时，犯罪即完成。追诉时效就应该开始，由于许多渎职犯罪均为过失犯罪，刑罚较轻，一般都是在五年以下，追诉期限相对也就较短，也就容易导致追诉时效过期，无法立案。
对非物质性损失来说，《刑法》第九章表述为：“国家和人民利益遭受重大损失”，这里的利益包括了物质性利益和非物质性利益，非物质性利益体现在《立案标准》之中，表述为：“严重损害国家声誉，或者造成恶劣社会影响”。实践中往往以是否引起群众上访、媒体是否曝光、相关领导是否有批示等来判断，一些地方认定起来有时很随意，有时很慎重，标准难以把握。
五、“原案”认定难
有些渎职罪的认定，需要有其他犯罪行为的存在为前提。比如，刑法414条规定的放纵制售伪劣商品犯罪行为罪，该罪的成立需以生产、销售伪劣商品犯罪行为成立作为前提条件。要认定国家工作人员是否包庇犯罪、放纵犯罪、不移交刑事案件，首先要解决被包庇、被放纵、被不移交的人和事是不是犯罪或者“刑事案件”，如果不是，就不存在包庇、放纵、不移交的所谓“渎职”问题。在司法实践中通常把决定渎职犯罪成立的先前发生的案件称为“原案”。因此，确认渎职罪案的“原案”是否存在就成为查办这类渎职案件的前提。《刑法》第九章规定的渎职罪案中，需要“原案”作为认定渎职犯罪依据的案件包括：徇私枉法案、徇私舞弊不移交刑事案件案、国家机关工作人员签订履行合同失职被骗案、放纵走私案、放纵制售伪劣商品犯罪行为案、帮助犯罪分子逃避处罚案6个罪名。如何认定“原案”？谁来查证？在理论和实践上都存在许多争议和困难。
认定“原案”是否存在，实践中有多种观点。主要有“法院判决说”（即“原案”的认定必须以法院的判决为标准）、“立案说”、“材料反映说”等等。“法院判决说”，似乎严谨、科学，但失之过严。如果“原案”必须以人民法院的判决为标准，往往要经过很长的诉讼过程，不仅可能错过对渎职罪的调查取证时机，而且，有些“原案”正是因为有关人员的渎职行为致使“原案”行为人逃跑、串供、毁灭证据而无法追究。尚若必须以“原案”行为人最终被司法判决有罪才能追究渎职行为，就可能导致既放纵了“原案”的犯罪行为，又放纵了渎职行为。
