行政执法与刑事司法衔接是一种实质上的衔接，衔接的标志是案件的相关信息由行政机关向侦查机关和检察机关的流动。实践中，一方面，由于部分行政执法人员与刑事司法人员法律素质不高，对案件移送存在一些错误认识，导致对构成犯罪的案件降格处理，以罚代刑；或者一些行政执法人员对刑事法律甚至是行政法律规范不够熟悉和了解，对刑法中有关罪名和构成要件掌握不够，对罪与非罪、此罪与彼罪把握不准，造成处罚失当，导致部分涉嫌犯罪案件无法及时移送。另一方面，由于我国大多数案件的侦查终结权完全控制在公安机关手中，加之对其立案之前受案和初查活动监督的缺失，致使公安机关立案与撤案行为随意，一部分行政机关移送的案件无法真正进入公诉轨道，实质衔接异化为形式衔接。为此应加强对案件移送制度的监督，扩大立案监督的范围，明确移送的标准，加大对行政执法人员和司法人员的培训，提高移送的准度，完善责任追究工作机制。
（一）扩大立案监督的范围
立案监督不仅限于公安机关立案之后的行为，还包括立案之前的受案与初查行为，增强检察立案监督的主动性与有效性。实践中可确立案件并行移送规定。即规定行政机关向公安机关移送涉罪案件时，统一制作一式三份的移送书，第一联存档，第二联交付公安机关，第三联送达检察院立案监督部门备案，使检察院有的放矢的开展立案监督工作。
(二)在统一案件移送标准的同时适当从宽掌握
刑法中关于经济案件的“情节严重”“、造成重大损失”、“造成严重后果”等大量模糊用语的具体规定，也容易使行政执法机关与刑事司法机关对案件移送标准认识不统一，建议由检察机关、公安机关会同有关行政机关，通过细化司法解释的方式，制定统一的指导意见，从而统一具体案件的移送标准；行政执法机关在移送案件时出严格按照标准以外，对于短期难以定性、存在认识分歧的部分案件，特别是违法行为涉案金额较大、影响范围较广、跨地域犯罪、案情复杂等情形，标准可以适当放宽，防止相关人员借口对移送标准不了解、不熟悉而截留案件。另外，对于那些事后证明不具备立案条件、退回行政机关依法处理的情形，不应追究行政执法人员的责任，以解除其思想顾虑。
(三)加大培训提高案件移送的准确度
