基金有自己的治理结构。基金有发起人、委托人、管理人、托管人、受益人多方主体。法律要求管理人承担善良管理人的注意义务和忠实义务，使受益人的利益最大化，不得在处理业务时为自己或他人谋利；托管人负有保管基金资产安全、监督基金管理人的投资运作的职责；投资人（委托人、受益人、基金持有人)则具有取得基金收益、监督基金经营情况、依法更换管理人等权利。
基金不受政府过度干预。投资基金是一种完全市场化的投资行为，由市场上的投资者自主选择投资，自主承担投资风险。政府为控制风险、保护公众投资者，可作出必要规定，但对基金投资行业、投资地域及资金的所有制形式等不应限制。
基金在人格上也独立于基金管理公司、投资顾问公司等基金管理人。两者财产相互独立、各自具备治理结构，法律身份不同。
然而，我国的基金现在只是一个独立的载体而不是独立的实体。作为载体，它是资金的集合，类似一个大的资产池或资产包；它不是实体，既不是法人，也不被视为组织。除公司型基金具有法人地位外，法律对有限合伙型、信托型基金的法律地位并没有明确规定。除少数地区外，有限合伙的工商登记尚不能实现。这使投资基金难以进行证券开户、产权登记和独立交易等基本业务。如开户方面，《证券法》第166条规定：“投资者委托证券公司进行证券交易，应当申请开立证券账户。证券登记结算机构应当按照规定以投资者本人的名义为投资者开立证券账户。投资者申请开立账户，必须持有证明中国公民身份或者中国法人资格的合法证件。国家另有规定的除外。”实践中，公募基金需凭规范性文件的特别规定才能开设银行、证券帐户，而私募基金则不能独立开户。另外，由于基金没有独立的法律地位，其财产的独立性无法确保；基金的正常投资活动和市场退出途径大受限制；基金的权利义务、诉讼地位也往往由基金管理人或基金经理代表。
在英美法系国家，虽并无基金具有法律主体的明确规定，但双重所有和信托独立人格的习惯使基金的独立身份不受质疑，如税法上通常将其视为独立的纳税主体[17]
在大陆法系国家，为了解决特定财产为特定目的存在的需要，创设了财团法人制度。财团法人是指法律上对于特定目的的财产集合赋予民事权利能力而形成的法人。[18]它是相对于社团法人而言的，最主要特点就是它是财产的集合，所有权和经营权分离。财团法人运营的宗旨是由设立人确定的，设立人在出资后即与财团法人脱离关系，不作为其成员。财团法人没有社员，代表其进行运行的不是它的社员而是它的管理员，管理员严格按照设立人设立的宗旨管理运行该财团法人。此制度起源于罗马，在日耳曼法中的发展甚为典型。财团法人是基督教的产物，早期的财团法人只能从事慈善救助事业，到了文艺复兴时期，其范围已经扩大到教育文化等其他事业，虽然其外延一直在变化，但还是没有脱离非营利这个范畴。[19]而到了现代，特别在德国，财团法人的设立已突破非营利目的的束缚，财团法人常常被用来作为从事赢利性商业行为的工具。[20]德国的法律也对营利性的财团法人进行了确认。[21]
