首先，对于第一层含义上的司法行政，可以在法院内设立类似“事务管理局”的机构，由其掌管本院及下级法院包括机构设置、财务经费、基建装备、档案管理、案件执行、司法统计等在内的司法服务及保障事务。该“事务管理局”为专门的行政事务管理机构，由作为行政长官的“秘书长”统一执掌，且秘书长只向院长报告工作并接受其领导。换言之，除院长外法官不得兼理司法行政事务，相关工作仅由专职行政人员负责，相互间不得换岗“交流”。等到时机成熟，可以将基层法院和中级法院的司法行政权统一收归最高法院和高级法院，前二者则为比较纯粹的审判机关。为了保障审判工作正常有效的运转，各级法院得配备一定数量的司法辅助人员（法官助理、书记员、司法警察等），从事移转送达文书、分配案件、检索法律、维持秩序等工作。由此在法院内构建“审判中心”的组织模式，司法行政处于附属地位，发挥辅助及服务的作用。
其次，对于第二层含义上的司法行政也即“审判管理”，应先加强再逐步弱化。台湾地区的司法改革历程告诉我们，在将司法从行政体制中解脱出来（即“特殊化”）及向人事、经费自治独立（即“独立化”）转型之前，需要经过一个较为漫长的时期，通过严训严考、裁判书送阅“指正”等措施提升司法专业水准和审判品质。（注：根据苏永钦教授的研究，台湾地区司法改革自1940年代末起先后经历了“专业化”、“特殊化”、“独立化”及“社会化”四个阶段，其中第一阶段直至1979年才结束。参见苏永钦：《反思台湾司法改革的经验》，“司法改革与法制发展”研讨会（2001年1月11－12日，香港大学法律学院）会议论文。）法院在今后实施标准化的流程管理及质效评估体系，有利于通过合理调配司法资源和激励法官，提高司法效能，促进司法公正。当然，审判毕竟不是机械化的流水线作业，从严管理能确保其维持在一个较佳水准，却很难使其达到前述生产社会正当性的高度。因此，待到法院取得公众基本信赖或其社会公信力有了明显改善之后，应逐渐弱化对审判工作的管理和束缚，尊重司法特性，彰显法官个体性的裁断慎思。在此过程中，逐步建立起提高法官自我期许的外部机制。比如，将法官按专项编制单独管理，待遇、奖惩等与行政序列脱钩。在法官与司法行政、辅助人员相区隔的前提下，改善法官的物质待遇并由专项司法经费予以保障，缩小不同级别法院法官之间的收入差距，并实现同一法院内法官的待遇仅有任职资历所形成的区别，而没有等级差别。审判管理事务同样在院长的领导下由“事务管理局”负责。
最后，对于第三层含义上的司法行政，应在坚持“党管干部”的原则下调整法院人事制度，逐渐增强司法职业共治的色彩。具体来说，可以分全国、省（自治区、直辖市）两个层次成立全部由法官组成的专业委员会，由其负责对任命或晋职人选的“才”进行考核评定，形成职业素养、业务能力的考评报告，供党的组织部门参考；党委组织部门及法院党组仍负责对候选人的“德”进行考察；在综合专业和政治两方面考评结果的基础上，由相关党组织按照干部管理权限决定是否选拔任用及提请权力机关任命。“事务管理局”对本院法官的品行、能力、绩效等做详细记录，以备相关机构在人事管理中查阅参考。庭长除负责庭内案件分配、组成合议庭等极有限的组织管理事务外，与普通法官无异，因此可由本庭法官选举产生，报相关组织部门备案。院长则因其行政职权和政治身份（党组组长），仍按照现行党政领导干部选拔任用制度产生。
