区分法律推定和事实推定的重要意义在于对举证责任分配的影响上。适用推定时，一旦基础事实得以认定，当事人又未就推定事实提出反驳，推定事实的存在就可直接予以认定，从而使推定事实成为案件证据链中的组成部分。但当事人提出反驳时，作为法律推定与事实推定的法律效力有一定的差别。在法律推定中，举证责任由实体法明确规定，否认推定事实的当事人反驳时负有提供本证（而非反证）的责任，必须提出充分证据证明不存在推定事实，如果仅提出一些证据使推定事实存在与否陷于真伪不明状态，仍会承担不利的诉讼结果。当事人也可以提供足够的证据证明基础事实不存在，从而有效地排除法律推定的效力。而在事实推定中，推论属于逻辑上演绎的推证，当事人反驳时，无论是对基础事实还是对推定事实，只要能够使证明对象处于真伪不明状态，不论其证据是否足够充分，均可起到推翻推定事实的效力。[6]因此，法律推定能将不存在推定事实的举证责任转移于对方当事人，而事实推定虽然也在一定程度上减轻了主张推定事实一方当事人的举证责任，但它并无转移举证责任的作用。[7]
二、协同行为证明中的推定应为事实推定而非法律推定
相较于协议和决定，协同行为是三种垄断协议中隐蔽性最强的一种形式，证明难度最大。要证明企业间相同或相似的市场行为构成反垄断法所规制的协同行为，关键是要证明企业间存在协同的合意，即企业具有协调行动的主观意图。[8]由于这种合意很难证明，很多国家除在反垄断法中规定宽恕政策等有利于发现和证明协同行为的制度，并允许使用间接证据外，还通过适用推定制度来缓解证明困难。但无论是从经济学的角度解释，还是从法学理论关于推定对举证责任分配的影响出发，对协同行为的推定都不应是法律推定，而是事实推定。
（一）法律推定可能造成禁止企业有意识的平行行为的错误
企业采取相同或相似的市场行为并不必然构成反垄断法所禁止的协同行为。经济学中的囚徒困境和重复博弈的理论说明，虽然企业有强烈的欺骗动机，但如果企业不仅重视眼前的收益，也重视未来的收益，则在一个无限次重复博弈中，企业会比在单次博弈中更为合作，因此理性的寡占企业在价格决定和调整过程中会通过实施价格领导制（Price Leadership）等合作策略性行为相互协调，以实现利润最大化。合作策略性行为根据信息条件又可以分为明确合作策略性行为和默契合作策略性行为。前者是指企业通过秘密或者公开的协议来协调行为以使合作组织利润最大化的一种行为，它可能构成反垄断法所禁止的垄断协议或决定。后者是指寡头垄断企业以一种纯粹“非合作”的方式进行合作。也就是说，在寡占市场中，因参与的企业数目少，企业极易观察到竞争对手的价格和数量决策，每个企业的利润既取决于自己的生产决策又取决于其他企业的决策。企业可以仅通过观察其他企业的行为，然后基于自己的预期调整价格或产量，就可以产生与达成垄断协议相同或相近的经济效果。经济学上把这种企业在信息完全的情况下基于“寡占相互依赖性”（01igopolistic Interdependence）而采取的行为称为有意识的平行行为（Conscious Parallelism）。也就是说，即使企业间并未达成任何协议或进行任何事先联络，有意识的平行行为也可使企业通过理性的决策过程，制定或维持高于竞争价格水平的价格或低于竞争产量水平的产量，从而在非合作的前提下也会出现合作的结果，最终达到规避竞争风险，取得最大化利润的目的。
